論文の概要: Leveraging Discrete Function Decomposability for Scientific Design
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2511.03032v1
- Date: Tue, 04 Nov 2025 21:57:51 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2025-11-06 18:19:32.260503
- Title: Leveraging Discrete Function Decomposability for Scientific Design
- Title(参考訳): 離散関数分解の科学設計への応用
- Authors: James C. Bowden, Sergey Levine, Jennifer Listgarten,
- Abstract要約: AI駆動の科学とエンジニアリングの時代、私たちはしばしば、ユーザが指定したプロパティに従って、サイリコでオブジェクトを設計したいと考えています。
例えば、ターゲットを結合するタンパク質を設計したり、遅延を最小限にするために回路内のコンポーネントを配置したり、特定の特性を持つ材料を見つけたりしたいかもしれません。
本稿では,新しい分散最適化アルゴリズムであるDADO(De-Aware Distributional Optimization)を提案する。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 48.365465744654365
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: In the era of AI-driven science and engineering, we often want to design discrete objects in silico according to user-specified properties. For example, we may wish to design a protein to bind its target, arrange components within a circuit to minimize latency, or find materials with certain properties. Given a property predictive model, in silico design typically involves training a generative model over the design space (e.g., protein sequence space) to concentrate on designs with the desired properties. Distributional optimization -- which can be formalized as an estimation of distribution algorithm or as reinforcement learning policy optimization -- finds the generative model that maximizes an objective function in expectation. Optimizing a distribution over discrete-valued designs is in general challenging because of the combinatorial nature of the design space. However, many property predictors in scientific applications are decomposable in the sense that they can be factorized over design variables in a way that could in principle enable more effective optimization. For example, amino acids at a catalytic site of a protein may only loosely interact with amino acids of the rest of the protein to achieve maximal catalytic activity. Current distributional optimization algorithms are unable to make use of such decomposability structure. Herein, we propose and demonstrate use of a new distributional optimization algorithm, Decomposition-Aware Distributional Optimization (DADO), that can leverage any decomposability defined by a junction tree on the design variables, to make optimization more efficient. At its core, DADO employs a soft-factorized "search distribution" -- a learned generative model -- for efficient navigation of the search space, invoking graph message-passing to coordinate optimization across linked factors.
- Abstract(参考訳): AI駆動科学とエンジニアリングの時代、私たちはしばしば、ユーザが指定したプロパティに従って、サイリコで個別のオブジェクトを設計したいと考えています。
例えば、ターゲットを結合するタンパク質を設計したり、遅延を最小限にするために回路内のコンポーネントを配置したり、特定の特性を持つ材料を見つけたりしたいかもしれません。
特性予測モデルが与えられた場合、シリコ設計では、典型的には、所望の特性を持つ設計に集中するために、設計空間(例えば、タンパク質配列空間)上で生成モデルを訓練する。
分布最適化 - 分布アルゴリズムの推定や強化学習ポリシー最適化として形式化できる - は、期待する目的関数を最大化する生成モデルを見つける。
離散値の設計に対する分布の最適化は、設計空間の組合せの性質のため、一般に困難である。
しかし、科学的応用における多くの特性予測子は、設計変数を分解できるという意味で分解可能であり、原理的にはより効率的な最適化を実現することができる。
例えば、タンパク質の触媒部位のアミノ酸は、タンパク質の残りのアミノ酸と緩やかに相互作用して、最大限の触媒活性を達成することができる。
現在の分布最適化アルゴリズムは、そのような分解可能性構造を利用できない。
本稿では,新たな分散最適化アルゴリズムであるDADO(Decomposition-Aware Distributional Optimization)を提案する。
DADOのコアとなるのは、学習した生成モデルであるソフトファクタの"search distribution"を使用して、検索空間の効率的なナビゲーションを行い、グラフメッセージパスを呼び出し、リンクされた要素間の最適化を調整する。
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