論文の概要: Synergistic Computational Approaches for Accelerated Drug Discovery: Integrating Quantum Mechanics, Statistical Thermodynamics, and Quantum Computing

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2512.06141v1
• Date: Fri, 05 Dec 2025 20:47:34 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2025-12-09 22:03:54.204135
• Title: Synergistic Computational Approaches for Accelerated Drug Discovery: Integrating Quantum Mechanics, Statistical Thermodynamics, and Quantum Computing
• Title（参考訳）: 加速薬発見のための相乗的計算的アプローチ:量子力学、統計熱力学、量子コンピューティングの統合
• Authors: Farzad Molani, Art E. Cho,
• Abstract要約: タンパク質-リガンド結合自由エネルギー(Bs)の正確な予測は、薬物発見における中心的な課題である。 本稿では、マイニングミニマサンプリングと量子力学的に洗練された配位子部分電荷を組み合わせたハイブリッド量子古典フレームワークを提案する。 23個のタンパク質ターゲットと533の合計で、1.10 kcal/molの絶対誤差を高いランクの忠実度で達成する。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.0
• License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
• Abstract: Accurately predicting protein-ligand binding free energies (BFEs) remains a central challenge in drug discovery, particularly because the most reliable methods, such as free energy perturbation (FEP), are computationally intensive and difficult to scale. Here, we introduce a hybrid quantum-classical framework that combines Mining Minima sampling with quantum mechanically refined ligand partial charges, QM/MM interaction evaluation, and variational quantum eigensolver (VQE)-based electronic energy correction. This design enables explicit treatment of polarization, charge redistribution, and electronic correlation effects that are often underestimated in purely classical scoring schemes, while retaining computational efficiency. Across 23 protein targets and 543 ligands, the method achieves a mean absolute error of about 1.10 kcal/mol with strong rank-order fidelity (Pearson R = 0.75, Spearman rho = 0.76, Kendall tau = 0.57), consistent with the performance of contemporary FEP protocols. Notably, the workflow requires only about 25 minutes per ligand on standard compute resources, resulting in an approximate 20-fold reduction in computational cost relative to alchemical free energy approaches. This level of accuracy and efficiency makes the method well-suited for high-throughput lead optimization and iterative design cycles in pharmaceutical discovery. The framework also provides a natural foundation for future integration with machine learning models to enable predictive, large-scale, and adaptive screening strategies.
• Abstract（参考訳）: タンパク質-リガンド結合性自由エネルギー(BFE)の正確な予測は、特にフリーエネルギー摂動(FEP)のような最も信頼性の高い方法が計算集約的でスケールが難しいため、薬物発見において中心的な課題である。 本稿では、マイニングミニマサンプリングと量子力学的に洗練されたリガンド部分電荷、QM/MM相互作用評価、変分量子固有解法(VQE)に基づく電子エネルギー補正を組み合わせたハイブリッド量子古典的フレームワークを提案する。 この設計は、純粋に古典的なスコアリング方式では過小評価されることが多い偏極、電荷再分配、電子相関効果の明示的な処理を可能にし、計算効率を保っている。 23個のタンパク質ターゲットと533個のリガンドにまたがって、Pearson R = 0.75, Spearman rho = 0.76, Kendall tau = 0.57) の絶対誤差が約1.10 kcal/molに達する(Pearson R = 0.75, Spearman rho = 0.76, Kendall tau = 0.57)。 特に、ワークフローは標準計算リソースのリガンドあたり25分程度しか必要とせず、その結果、アルケミカルフリーエネルギーのアプローチと比較して計算コストがおよそ20倍削減される。 この精度と効率のレベルは、薬品発見における高スループットリード最適化と反復設計サイクルに適している。 このフレームワークはまた、予測的、大規模、適応的なスクリーニング戦略を可能にするために、マシンラーニングモデルと将来の統合のための自然な基盤を提供する。

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