論文の概要: EXAONE Path 2.5: Pathology Foundation Model with Multi-Omics Alignment

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2512.14019v1
• Date: Tue, 16 Dec 2025 02:31:53 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2025-12-17 16:49:26.553042
• Title: EXAONE Path 2.5: Pathology Foundation Model with Multi-Omics Alignment
• Title（参考訳）: EXAONE Path 2.5:Multi-Omicsアライメントを用いた病理基盤モデル
• Authors: Juseung Yun, Sunwoo Yu, Sumin Ha, Jonghyun Kim, Janghyeon Lee, Jongseong Jang, Soonyoung Lee,
• Abstract要約: 病理組織学的,ゲノム学的,エピジェネティックおよび転写学的様態を共同でモデル化した病理基盤モデルEXAONE Path 2.5を提案する。 EXAONEパス2.5を2つの相補的なベンチマークで6つの主要な病理基盤モデルと比較した。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 7.030162358506499
• License: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
• Abstract: Cancer progression arises from interactions across multiple biological layers, especially beyond morphological and across molecular layers that remain invisible to image-only models. To capture this broader biological landscape, we present EXAONE Path 2.5, a pathology foundation model that jointly models histologic, genomic, epigenetic and transcriptomic modalities, producing an integrated patient representation that reflects tumor biology more comprehensively. Our approach incorporates three key components: (1) multimodal SigLIP loss enabling all-pairwise contrastive learning across heterogeneous modalities, (2) a fragment-aware rotary positional encoding (F-RoPE) module that preserves spatial structure and tissue-fragment topology in WSI, and (3) domain-specialized internal foundation models for both WSI and RNA-seq to provide biologically grounded embeddings for robust multimodal alignment. We evaluate EXAONE Path 2.5 against six leading pathology foundation models across two complementary benchmarks: an internal real-world clinical dataset and the Patho-Bench benchmark covering 80 tasks. Our framework demonstrates high data and parameter efficiency, achieving on-par performance with state-of-the-art foundation models on Patho-Bench while exhibiting the highest adaptability in the internal clinical setting. These results highlight the value of biologically informed multimodal design and underscore the potential of integrated genotype-to-phenotype modeling for next-generation precision oncology.
• Abstract（参考訳）: がんの進行は、複数の生物学的層、特に画像のみのモデルでは見えない形態的層と分子的層との相互作用から生じる。 本研究は, 組織学的, ゲノム学的, エピジェネティックおよび転写学的モダリティを共同でモデル化し, より包括的に腫瘍生物学を反映した統合患者表現を創出する病理基盤モデルであるEXAONE Path 2.5を提案する。 提案手法は, マルチモーダルSigLIPの損失により, 不均一なモーダル間の相互に相互にコントラスト学習が可能となること, 2)WSIにおける空間構造と組織フラグメント・フラッグメント・トポロジーを保存するF-RoPEモジュール, (3)WSIおよびRNA-seqのドメイン特化内部基盤モデルを用いて, 堅牢なマルチモーダルアライメントを実現する。 内科臨床データセットと80のタスクをカバーするPatho-Benchベンチマークの2つの相補的なベンチマークで6つの主要な病理基盤モデルに対してEXAONE Path 2.5を評価した。 当フレームワークは,Patho-Bench上での最先端基盤モデルによるオンパー性能を実現するとともに,内部臨床環境における高い適応性を示すとともに,高いデータとパラメータ効率を示す。 これらの結果は,生物情報を用いたマルチモーダルデザインの価値を強調し,次世代の精度オンコロジーのための統合型-フェノタイプモデリングの可能性を強調した。

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