論文の概要: ScDiVa: Masked Discrete Diffusion for Joint Modeling of Single-Cell Identity and Expression

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2602.03477v1
• Date: Tue, 03 Feb 2026 12:50:29 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2026-02-04 18:37:15.450844
• Title: ScDiVa: Masked Discrete Diffusion for Joint Modeling of Single-Cell Identity and Expression
• Title（参考訳）: ScDiVa:シングルセルアイデンティティと表現の結合モデリングのためのマスク付き離散拡散
• Authors: Mingxuan Wang, Cheng Chen, Gaoyang Jiang, Zijia Ren, Chuangxin Zhao, Lu Shi, Yanbiao Ma,
• Abstract要約: シングルセルRNA-seqプロファイルは高次元、スパース、非秩序であり、自己回帰生成は人工的な秩序バイアスを課す。 そこで我々は,ScDiVaをマスク付き離散拡散基礎モデルとして提案する。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 24.508523704467695
• License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
• Abstract: Single-cell RNA-seq profiles are high-dimensional, sparse, and unordered, causing autoregressive generation to impose an artificial ordering bias and suffer from error accumulation. To address this, we propose scDiVa, a masked discrete diffusion foundation model that aligns generation with the dropout-like corruption process by defining a continuous-time forward masking mechanism in token space. ScDiVa features a bidirectional denoiser that jointly models discrete gene identities and continuous values, utilizing entropy-normalized serialization and a latent anchor token to maximize information efficiency and preserve global cell identity. The model is trained via depth-invariant time sampling and a dual denoising objective to simulate varying sparsity levels while ensuring precise recovery of both identity and magnitude. Pre-trained on 59 million cells, scDiVa achieves strong transfer performance across major benchmarks, including batch integration, cell type annotation, and perturbation response prediction. These results suggest that masked discrete diffusion serves as a biologically coherent and effective alternative to autoregression.
• Abstract（参考訳）: シングルセルRNA-seqプロファイルは高次元、スパース、非秩序であり、自己回帰生成は人工的な秩序バイアスを課し、エラーの蓄積に悩まされる。 これを解決するために,トークン空間における連続時間フォワードマスキング機構を定義することにより,生成をドロップアウトのような汚職プロセスと整合させるマスク付き離散拡散基盤モデル scDiVa を提案する。 ScDiVaは、エントロピー正規化シリアライゼーションと潜在アンカートークンを利用して、情報の効率を最大化し、グローバルセルのアイデンティティを保存し、離散的な遺伝子アイデンティティと連続的な値を共同でモデル化する双方向デノイザを備えている。 このモデルは、深度不変の時間サンプリングと、異なる空間レベルをシミュレートし、アイデンティティとマグニチュードの両方の正確な回復を確実にするための双対な認知目標によって訓練される。 5900万のセルで事前トレーニングされたScDiVaは、バッチ統合、セルタイプアノテーション、摂動応答予測など、主要なベンチマーク間で強力な転送パフォーマンスを実現している。 これらの結果は、マスキングされた離散拡散が、自己回帰の生物学的に一貫性があり効果的な代替となることを示唆している。

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