論文の概要: A Unified, Cross-Platform Framework for Automatic GUI and Plugin Generation in Structural Bioinformatics and Beyond

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2602.16047v1
• Date: Tue, 17 Feb 2026 21:57:02 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2026-02-19 15:58:30.450017
• Title: A Unified, Cross-Platform Framework for Automatic GUI and Plugin Generation in Structural Bioinformatics and Beyond
• Title（参考訳）: 構造バイオインフォマティクスにおけるGUIとプラグインの自動生成のための統一型クロスプラットフォームフレームワーク
• Authors: Sikao Guo, Edoardo Sarti, Frédéric Cazals,
• Abstract要約: ワークフローは、(Step 1)プラグイン設計、(Step2)GUIの正式な(プラットフォームに依存しない)仕様、(Step3)ターゲットプラットフォーム向けのプラグインコード生成という3つのフェーズで構成されている。 私たちは主に、VMD、Pymol、Webサーバという3つのプラットフォームをターゲットにした、Structure Bioinformatics Library(SBL)からCLI実行ファイルのための構造バイオインフォマティクスのGUIを生成するためにワークフローを使用します。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.22940141855172033
• License: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
• Abstract: We present a workflow and associated toolkit to automate the creation of graphical user interfaces (GUI) for executables run from command line interfaces (CLI). The workflow consists of three phases, namely (Step 1) the plugin design, (Step 2) the formal (platform independent) specification of the GUI, and (Step 3) the plugin code generation for the targeted platforms. Our architecture is aligned with the Model--View--Presenter (MVP) pattern: steps one and two build the Model and View descriptions, while step three implements the Presenter layer that binds inputs, invokes the CLI, and updates outputs. Once Step one has been (manually) completed, steps two and three are fully automated. The decoupled MVP design and platform-specific generator modules enable reuse of logic, portability across ecosystems, and significant reductions in engineering effort for complex interactive applications. We primarily use our workflow to generate GUI in structural bioinformatics for CLI executables from the Structural Bioinformatics Library (SBL), targeting three platforms, namely VMD, Pymol and Web servers. The workflow can be used as a guideline, while its implementation available in the package Plugin_manager from the SBL, see https://sbl.inria.fr/doc/Plugin_manager-user-manual.html.
• Abstract（参考訳）: 本稿では,コマンドラインインタフェース (CLI) から実行可能ファイルを生成するためのGUI (GUI) 作成を自動化するワークフローおよび関連ツールキットを提案する。 ワークフローは3つのフェーズで構成されます。 1)プラグイン設計(ステップ) 2) GUIの正式な(プラットフォームに依存しない)仕様、および(ステップ) 3) ターゲットプラットフォーム用のプラグインコード生成。 ステップ1と2はモデルとビューの記述を構築し、ステップ3は入力をバインドし、CLIを呼び出し、出力を更新するPreserレイヤを実装します。 ステップ1が(手動で)完了したら、ステップ2と3は完全に自動化されます。 分離されたMVP設計とプラットフォーム固有のジェネレータモジュールは、ロジックの再利用、エコシステム間のポータビリティ、複雑なインタラクティブアプリケーションのためのエンジニアリング作業の大幅な削減を可能にします。 私たちは主に、VMD、Pymol、Webサーバという3つのプラットフォームをターゲットにした、Structure Bioinformatics Library(SBL)からCLI実行ファイルのための構造バイオインフォマティクスのGUIを生成するためにワークフローを使用します。 ワークフローはガイドラインとして使用できるが、その実装はSBLのPlugin_managerパッケージ(https://sbl.inria.fr/doc/Plugin_manager-user-manual.html)で利用できる。

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