論文の概要: A Standardized Framework For Evaluating Gene Expression Generative Models

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2603.11244v1
• Date: Wed, 11 Mar 2026 19:11:03 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2026-03-13 14:46:25.604528
• Title: A Standardized Framework For Evaluating Gene Expression Generative Models
• Title（参考訳）: 遺伝子発現生成モデル評価のための標準化されたフレームワーク
• Authors: Andrea Rubbi, Andrea Giuseppe Di Francesco, Mohammad Lotfollahi, Pietro Liò,
• Abstract要約: 我々は、遺伝子発現評価のためのオープンソースのPythonフレームワーク、Generated Genetic Expression Evaluator (GGE)を提案する。 GGEは、明示的な非互換性空間オプションと生物学的動機付け評価を備えた、分布メトリクスの包括的なスイートを提供する。 我々は,基準値が実装の選択によって大きく異なることを示し,標準化の必要性を強調した。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 10.821695212569118
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: The rapid development of generative models for single-cell gene expression data has created an urgent need for standardised evaluation frameworks. Current evaluation practices suffer from inconsistent metric implementations, incomparable hyperparameter choices, and a lack of biologically-grounded metrics. We present Generated Genetic Expression Evaluator (GGE), an open-source Python framework that addresses these challenges by providing a comprehensive suite of distributional metrics with explicit computation space options and biologically-motivated evaluation through differentially expressed gene (DEG)-focused analysis and perturbation-effect correlation, enabling standardized reporting and reproducible benchmarking. Through extensive analysis of the single-cell generative modeling literature, we identify that no standardized evaluation protocol exists. Methods report incomparable metrics computed in different spaces with different hyperparameters. We demonstrate that metric values vary substantially depending on implementation choices, highlighting the critical need for standardization. GGE enables fair comparison across generative approaches and accelerates progress in perturbation response prediction, cellular identity modeling, and counterfactual inference.
• Abstract（参考訳）: 単一細胞遺伝子発現データの生成モデルの急速な発展は、標準化された評価フレームワークに対する緊急の必要性を生み出している。 現在の評価プラクティスは、一貫性のないメートル法の実装、互換性のないハイパーパラメータの選択、生物学的に接地されたメトリクスの欠如に悩まされている。 我々は、これらの課題に対処するオープンソースのPythonフレームワークであるGenerated Genetic Expression Evaluator (GGE)を紹介し、明示的な計算空間オプションを備えた分散メトリクスの包括的スイートと、差分表現された遺伝子(DEG)に着目した解析と摂動効果の相関による生物学的に動機付けられた評価を提供することにより、標準化されたレポートと再現可能なベンチマークを可能にする。 単一セル生成モデリング文献の広範な解析により、標準化された評価プロトコルは存在しないことが判明した。 メソッドは、異なるハイパーパラメータを持つ異なる空間で計算された計算不可能なメトリクスを報告します。 我々は,基準値が実装の選択によって大きく異なることを示し,標準化の必要性を強調した。 GGEは、生成的アプローチ間で公正な比較を可能にし、摂動応答予測、セルアイデンティティモデリング、および反事実推論の進展を加速する。

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