論文の概要: VecMol: Vector-Field Representations for 3D Molecule Generation
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2603.12734v1
- Date: Fri, 13 Mar 2026 07:26:15 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2026-03-16 17:38:11.965326
- Title: VecMol: Vector-Field Representations for 3D Molecule Generation
- Title（参考訳）: VecMol:3次元分子生成のためのベクトル場表現
- Authors: Yuchen Hua, Xingang Peng, Jianzhu Ma, Muhan Zhang,
- Abstract要約: VecMolは3次元分子をユークリッド空間上の連続ベクトル場としてモデル化することで分子表現を再現するパラダイムシフトフレームワークである。
QM9とGEOM-Drugsベンチマークの実験は、この新しいアプローチの可能性を検証する。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 48.276732426943774
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: Generative modeling of three-dimensional (3D) molecules is a fundamental yet challenging problem in drug discovery and materials science. Existing approaches typically represent molecules as 3D graphs and co-generate discrete atom types with continuous atomic coordinates, leading to intrinsic learning difficulties such as heterogeneous modality entanglement and geometry-chemistry coherence constraints. We propose VecMol, a paradigm-shifting framework that reimagines molecular representation by modeling 3D molecules as continuous vector fields over Euclidean space, where vectors point toward nearby atoms and implicitly encode molecular structure. The vector field is parameterized by a neural field and generated using a latent diffusion model, avoiding explicit graph generation and decoupling structure learning from discrete atom instantiation. Experiments on the QM9 and GEOM-Drugs benchmarks validate the feasibility of this novel approach, suggesting vector-field-based representations as a promising new direction for 3D molecular generation.
- Abstract（参考訳）: 3次元(3D)分子の生成モデリングは、薬物発見と材料科学の基本的な問題である。
既存のアプローチは、分子を3Dグラフとして表現し、連続的な原子座標を持つ離散原子型を同時に生成し、不均一なモジュラリティの絡み合いや幾何学化学コヒーレンス制約のような固有の学習困難をもたらす。
本研究では, 3次元分子をユークリッド空間上の連続ベクトル場としてモデル化し, 分子構造を暗黙的に符号化することで, 分子表現を再現するパラダイムシフトフレームワークであるVecMolを提案する。
ベクトル場は、ニューラルネットワークによってパラメータ化され、遅延拡散モデルを用いて生成される。
QM9とGEOM-Drugsベンチマークの実験は、この新しいアプローチの実現可能性を検証するものであり、ベクトル場に基づく表現を3次元分子生成の有望な新しい方向として示唆している。
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