論文の概要: CHIMERA-Bench: A Benchmark Dataset for Epitope-Specific Antibody Design

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2603.13431v1
• Date: Fri, 13 Mar 2026 05:06:58 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2026-03-17 16:19:35.198533
• Title: CHIMERA-Bench: A Benchmark Dataset for Epitope-Specific Antibody Design
• Title（参考訳）: CHIMERA-Bench: エピトープ特異的抗体設計のためのベンチマークデータセット
• Authors: Mansoor Ahmed, Nadeem Taj, Imdad Ullah Khan, Hemanth Venkateswara, Murray Patterson,
• Abstract要約: コンピュータ抗体の設計は急速に手法的に進歩し,過去3年間に多数の深層生成法が提案されてきた。 この分野では、公正な比較とモデル開発のための標準ベンチマークが欠落している。 textscChimera-Benchは、その種の抗体設計問題に対する最大のデータセットである。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 3.9585609151666934
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: Computational antibody design has seen rapid methodological progress, with dozens of deep generative methods proposed in the past three years, yet the field lacks a standardized benchmark for fair comparison and model development. These methods are evaluated on different SAbDab snapshots, non-overlapping test sets, and incompatible metrics, and the literature fragments the design problem into numerous sub-tasks with no common definition. We introduce \textsc{Chimera-Bench} (\textbf{C}DR \textbf{M}odeling with \textbf{E}pitope-guided \textbf{R}edesign), a unified benchmark built around a single canonical task: \emph{epitope-conditioned CDR sequence-structure co-design}. \textsc{Chimera-Bench} provides (1) a curated, deduplicated dataset of \textbf{2,922} antibody-antigen complexes with epitope and paratope annotations; (2) three biologically motivated splits testing generalization to unseen epitopes, unseen antigen folds, and prospective temporal targets; and (3) a comprehensive evaluation protocol with five metric groups including novel epitope-specificity measures. We benchmark representative methods spanning different generative paradigms and report results across all splits. \textsc{Chimera-Bench} is the largest dataset of its kind for the antibody design problem, allowing the community to develop and test novel methods and evaluate their generalizability. The source code and data are available at: https://github.com/mansoor181/chimera-bench.git
• Abstract（参考訳）: コンピュータ抗体の設計は、過去3年間に多くの深層生成法が提案されてきたが、公正比較とモデル開発のための標準ベンチマークが欠如している。 これらの手法は、異なるSAbDabスナップショット、重複しないテストセット、互換性のないメトリクスで評価され、文献は共通の定義のない多くのサブタスクに設計問題を断片化する。 我々は、単一の標準タスクを中心に構築された統一ベンチマークである \textsc{Chimera-Bench} (\textbf{C}DR \textbf{M}odeling with \textbf{E}pitope-guided \textbf{R}edesign)を紹介した。 1) エピトープ, パラトープアノテーションを併用した, 培養, 脱重複化データセット, (2) 未確認のエピトープ, 未確認の抗原フォールド, および将来的な時間的目標への一般化を試験する3つの生物学的に動機付けられた3つの分割, (3) 新規エピトープ特異性尺度を含む5つの計量群による総合的評価プロトコルを提供する。 我々は、異なる生成パラダイムにまたがる代表的手法をベンチマークし、すべての分割に対して結果を報告する。 \textsc{Chimera-Bench}は、抗体設計問題におけるその種の最大のデータセットであり、新しい方法を開発し、テストし、それらの一般化性を評価することができる。 ソースコードとデータは、https://github.com/mansoor181/chimera-bench.git.comで入手できる。

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