論文の概要: Evaluation design conditions the expert-vs-auto MeSH gap: a controlled comparison of bag-of-words and BiomedBERT on the Cohen benchmark
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2607.21685v1
- Date: Thu, 23 Jul 2026 14:37:23 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2026-07-27 20:58:56.957841
- Title: Evaluation design conditions the expert-vs-auto MeSH gap: a controlled comparison of bag-of-words and BiomedBERT on the Cohen benchmark
- Title(参考訳): エキスパート-vs自動MeSHギャップの評価設計条件:Cohenベンチマークによるbacker-of-wordsとBiomedBERTの制御比較
- Abstract要約: 我々は3つのトピックについてCohen et al. (2006) の薬物クラスベンチマークを用いて、代替設計の下でスタチンがどのように変化するかを調べる。
トランスフォーマーや10倍の単語バッグを使ったパイプラインのスクリーニングでは、テスト対象のトピックのギャップは約0.02 WSS@95%であり、CIは少なくとも1つのバウンダリでゼロである。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 0.0
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: A systematic review begins with someone reading thousands of abstracts to identify the few that are relevant, and classifiers are used to prioritise that reading. Their inputs are often augmented with Medical Subject Headings (MeSH), assigned either by expert indexers weeks or months after publication or by automatic tools at once. To our knowledge the two have not been compared directly as classifier features, and no previous work has asked whether that comparison's outcome depends on how the classifier is evaluated. Using the Cohen et al. (2006) drug-class benchmark on three topics, we characterise a bag-of-words logistic regression classifier (seven reruns) and BiomedBERT (five seeds), then examine how the Statins result changes under alternative designs. Under the canonical 5-fold full-corpus design, the bag-of-words expert-vs-auto gap on Statins is +0.096 WSS@95%. Matching the corpus size to the smaller topics (n = 803) reduces it to +0.033 (95% bootstrap CI includes zero), and 10-fold cross-validation at full size to +0.021 (CI narrowly excludes zero). Under canonical evaluation BiomedBERT gives +0.020, within sampling noise of the bag-of-words 10-fold result. A power analysis indicates a Statins-sized effect would not have been detectable at the Opioids or ADHD variance, so those nulls are design-limited rather than informative. A representation asymmetry remains: 15.1% of Statins inputs exceed BiomedBERT's 512-token limit when expert MeSH terms are appended, so truncation may contribute to the smaller transformer gap, although this cannot be separated from training volume here. In screening pipelines using transformers or 10-fold bag-of-words, the gap on the topics tested is about 0.02 WSS@95%, with CIs spanning zero on at least one bound. More broadly, benchmark conclusions about feature sources can change substantially under reasonable changes to the evaluation design.
- Abstract(参考訳): 体系的なレビューは、関連する部分を特定するために何千もの抽象文を読んでいる人から始まり、その読みを優先するために分類器が使用される。
彼らのインプットは、しばしばMeSH(Messical Subject Headings)で拡張され、出版後数週間または数ヶ月後に専門家インデクサによって割り当てられるか、一度に自動ツールによって割り当てられる。
我々の知る限り、この2つを直接分類器の特徴として比較することはなく、その比較結果が分類器の評価方法に依存しているかどうかを問う以前の研究は行われていない。
The Cohen et al (2006) drug-class benchmark on three topics, we characterizeds a bag-of-words logistic regression classificationifier (7 reruns) and BiomedBERT (5 seed) then the Statins result changes under alternative design。
標準5倍のフルコーパス設計では、Statinsのbacker-of-words Expert-vs-autoギャップは+0.096 WSS@95%である。
コーパスサイズを小さいトピック(n = 803)に合わせると、+0.033(95%のブートストラップCIはゼロ)に減らし、10倍のクロスバリデーションをフルサイズで+0.021(CIは0を狭く除く)にする。
標準評価では、BiomedBERTは、単語の袋の10倍の結果のサンプリングノイズに+0.020を与える。
パワー分析は、スタテンスサイズの効果がオピオイドやADHDの分散で検出されなかったことを示しており、これらのヌルは情報よりも設計に制限されている。
スタンス入力の15.1%は、BiomedBERT の 512-token 限界を超え、専門家の MeSH 項が付加されると、トランケーションはより小さなトランスフォーマーギャップに寄与するが、ここではトレーニングボリュームから分離することはできない。
トランスフォーマーや10倍の単語バッグを使ったパイプラインのスクリーニングでは、テスト対象のトピックのギャップは約0.02 WSS@95%であり、CIは少なくとも1つのバウンダリでゼロである。
より広範に、機能ソースに関するベンチマークの結論は、評価設計の合理的な変更の下で大きく変化する可能性がある。
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