Fugu-MT 論文翻訳(概要): Inter-Residue Geometry Attention for Antibody-Specific Epitope Prediction

論文の概要: Inter-Residue Geometry Attention for Antibody-Specific Epitope Prediction

arxiv url: http://arxiv.org/abs/2608.01092v1
Date: Sun, 02 Aug 2026 08:48:07 GMT
ステータス: 翻訳完了
システム内更新日: 2026-08-04 15:07:25.082508
Title: Inter-Residue Geometry Attention for Antibody-Specific Epitope Prediction
Title（参考訳）: 抗体特異的エピトープ予測のための残差幾何注意
Abstract要約: ローカルフレーム3Dロータリーポジション。 EPEPは、CDRと抗原表面の3次元的な相補性に依存する、特定の抗体によってどの抗原残基が認識されるかを特定することを目的としている。そこで我々はローカルフレーム3Dロータリー位置を提案する。 EPEPは、バックボーン定義された局所フレームの残差を表現し、それらを回転注意に直接注入する。
参考スコア（独自算出の注目度）: 8.509019866126222
License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Abstract: Antibody-specific epitope prediction aims to identify which antigen residues are recognized by a given antibody, a task that depends on the three-dimensional complementarity between antibody CDRs and the antigen surface. Existing methods usually leverage PLM embeddings and inject structure through additional graph, surface, or point-cloud encoders, where the positional mechanism inside attention remains largely tied to one-dimensional sequence order. For proteins, the analogue of a token offset is not only sequence separation, but also the three-dimensional displacement between residues after folding. This raises a question, can folded residue geometry serve as the positional mechanism of attention itself? We propose Local-Frame 3D Rotary Position Encoding (LF3DRoPE), which expresses inter-residue displacements in backbone-defined local frames and injects them directly into rotary attention. This design preserves continuous directional geometry while ensuring invariance to global $\mathrm{SE}(3)$ transformations. On the AsEP benchmark, LF3DRoPE achieves state-of-the-art $\mathrm{MCC}$ on both ratio and epitope-group splits. Ablations and rigid transformation tests show that local three-dimensional geometry provides information beyond sequence-order attention while preserving invariance to arbitrary global coordinate systems. Mutation ranking results further indicate that LF3DRoPE captures antigen-specific structural compatibility.
Abstract（参考訳）: 抗体特異的エピトープ予測は、抗体CDRと抗原表面の3次元的な相補性に依存する、特定の抗体によってどの抗原残基が認識されるかを特定することを目的としている。既存の手法は通常、PLMの埋め込みと、追加のグラフ、表面または点雲エンコーダを通して構造を注入する。タンパク質の場合、トークンオフセットのアナログは配列分離だけでなく、折りたたみ後の残基間の3次元の変位でもある。このことは、折り畳み残余幾何学が注意そのものの位置的メカニズムとして機能するのかという疑問を提起する。バックボーン定義した局所フレームにおける残差を表現し,それらを直接回転注意に注入するローカルフレーム3Dロータリー位置符号化(LF3DRoPE)を提案する。この設計は、大域$\mathrm{SE}(3)$変換への不変性を確保しながら、連続方向幾何学を保存する。 AsEP ベンチマークでは、LF3DRoPE は最先端の $\mathrm{MCC}$ を比とエピトープ群の分割で達成する。アブレーションと剛性変換試験により、局所的な3次元幾何学は任意のグローバル座標系への不変性を維持しながら、順序順の注意を超えた情報を提供することが示された。変異ランキングの結果は、LF3DRoPEが抗原特異的な構造的適合を捉えていることを示している。

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