論文の概要: Large language models as synthetic clinical experts to inform longitudinal rare-disease modeling
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2608.16507v1
- Date: Mon, 17 Aug 2026 12:47:18 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2026-08-18 19:59:03.697145
- Title: Large language models as synthetic clinical experts to inform longitudinal rare-disease modeling
- Title(参考訳): 臨床専門医としての大規模言語モデル : 縦断的レア・ディスリーズ・モデリングをめざして
- Abstract要約: 我々は,多変量オートエンコーダに基づくアプローチを監督するために,大規模言語モデル(LLM)を合成臨床の専門家として使用する。
LLMは、患者観察のテキスト記述に基づいてオフラインでクエリされ、判断を得る。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 0.5437050212139087
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: Due to the limited amount of information, modeling longitudinal rare-disease data can benefit from integrating clinical knowledge. Yet, elicitation of expert knowledge and formalization for model fitting is challenging, in particular due to limited time of clinical experts. To nevertheless make domain knowledge accessible during model fitting, we use large language models (LLMs) as synthetic clinical experts to supervise a variational-autoencoder-based approach that learns low-dimensional latent summaries of visit-level observations. Specifically, LLMs are queried offline on textual descriptions of patient observations to obtain judgments, e.g., the suspected clinical category. To improve the variational autoencoder fit, we train a differentiable surrogate model on these judgments and augment the loss function to encourage reconstructions that preserve the clinical-label distribution of their corresponding input profile. In an application to longitudinal motor-function assessments from children with spinal muscular atrophy, we map visit-level clinical profiles to low-dimensional representations that are linked by a multivariate mixed-effects model. The synthetic expert loss discourages reconstructions that remain numerically close in data space but alter the clinical interpretation of the reconstructed motor function profile, such as by crossing a disease-type boundary. We thus reduced disagreement between original and reconstructed SMA type labels from about 11 to 7 percent. Furthermore, informing the latent representation by the synthetic expert improved prediction of motor function milestones compared with unsupervised latent representations and a data-level baseline. These results suggest that incorporating LLMs into model fitting can make clinical knowledge available to representation learning and improve clinical faithfulness for longitudinal rare-disease data.
- Abstract(参考訳): 情報量が限られているため、縦断的希薄なデータをモデリングすることは臨床知識の統合の恩恵を受けることができる。
しかし、専門知識の活用とモデル適合の形式化は、特に臨床専門家の限られた時間のために困難である。
それにもかかわらず、モデルフィッティング中にドメイン知識をアクセス可能にするため、我々は大規模言語モデル(LLM)を合成臨床の専門家として使用し、低次元の潜時観測を学習する変分オートコーダに基づくアプローチを監督する。
特に, LLMは患者観察のテキスト記述に基づいてオフラインで検索され, 疑わしい臨床カテゴリーの判定が得られた。
変動型オートエンコーダの適合性を改善するために,これらの判断に対して異なるサロゲートモデルを訓練し,それらの入力プロファイルの臨床的ラベル分布を保存した再構成を促進するために損失関数を増強する。
脊髄筋萎縮症児の経時的運動機能評価への応用として,多変量混合効果モデルによる低次元表現への訪問レベル臨床像のマッピングを行った。
合成専門家の喪失は、データ空間に数値的に近接するが、病型境界を越えるなど、再建された運動機能プロファイルの臨床的解釈を変化させる再構成を阻害する。
これにより、オリジナルのSMA型ラベルと再構成されたSMA型ラベルとの相違を約11%から7%に削減した。
さらに、合成専門家による潜伏表現の通知により、教師なし潜伏表現やデータレベルのベースラインと比較して、運動機能のマイルストーンの予測が改善された。
これらの結果から,LSMをモデルフィッティングに組み込むことで,表現学習に臨床知識が利用でき,縦断的希薄化データに対する臨床忠実性を向上させることが示唆された。
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