論文の概要: An Agentic Retrobiosynthesis Framework with Learned Frontier Selection
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2608.30702v1
- Date: Mon, 31 Aug 2026 12:40:42 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2026-09-01 18:31:31.39154
- Title: An Agentic Retrobiosynthesis Framework with Learned Frontier Selection
- Title(参考訳): 学習したフロンティア選択を伴う薬剤性レトロバイオシンセシスフレームワーク
- Abstract要約: 微調整経路制御フロンティア選択は、生化学生成を変えることなく、予算付き探索を改善することができる。
その結果, 経路制御されたフロンティア選択は, 生化学的生成を変えることなく, 探索の予算を改善できることが示唆された。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 0.34797121357690153
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: Large language models are increasingly used as agents for multistep retrosynthesis, raising the question of how much their search policy contributes independently of the underlying reaction model. We investigate this question in a biological setting through rule-based retrobiosynthesis: a deterministic biochemical engine generates the same validated transitions for every method, searching for routes that terminate in metabolites available to an \emph{Escherichia coli} chassis, while the policy only selects which frontier molecule to expand next. Prompted and LoRA-tuned Qwen2.5-7B policies use a strict choice-only interface. The fine-tuned policy reaches $65\pm1$\% solve rate at 10 expansions on LASER versus 59\% for MCTS, and at 200 expansions reaches $78\pm1$\% versus 75\% on LASER, $88\pm3$\% versus 80\% on the RetroPath RL Golden benchmark, and $63\pm2$\% versus 45\% on the BioNavi-NP benchmark. Fine-tuning also consistently outperforms direct prompting. These results show that route-supervised frontier selection can improve budgeted search without altering biochemical generation, although performance remains dependent on frontier construction and reaction ranking.
- Abstract(参考訳): 大規模言語モデルは多段階の逆合成のエージェントとしてますます使われており、それらの探索ポリシーが基礎となる反応モデルとは独立にどの程度貢献するかという疑問が提起されている。
決定論的生化学エンジンはすべての方法に対して同じ検証された遷移を発生させ,次にどのフロンティア分子を増殖させるかを選択するのに対して,emph{Escherichia coli}シャシーで利用可能な代謝物で終端する経路を探索する。
PromptedとLoRAで調整されたQwen2.5-7Bポリシーは厳格な選択のみのインターフェースを使用する。
微調整されたポリシーは、LASERで6,5\pm1$\%、MCTSで59\%、拡張で7,8\pm1$\%、LASERで7,8\pm3$\%、RetroPath RL Goldenベンチマークで8,8\pm3$\%、BioNavi-NPベンチマークで6,3\pm2$\%、45\%で6,5\pm2$\%に達する。
微調整もダイレクトプロンプトよりも一貫して優れている。
これらの結果から,フロンティア構築と反応ランキングに依拠しながらも,バイオケミカル生成を変化させることなく,経路監督型フロンティア選択が予算探索を改善できることが示唆された。
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