論文の概要: FTU-Seek: Foundation Model-Guided Hard-Negative Learning for Sparse Functional Tissue Unit Segmentation
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2609.00704v1
- Date: Tue, 01 Sep 2026 04:32:26 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2026-09-02 16:31:36.319943
- Title: FTU-Seek: Foundation Model-Guided Hard-Negative Learning for Sparse Functional Tissue Unit Segmentation
- Title(参考訳): FTU-Seek:Sparse Functional tissue Unit Segmentationのための基礎モデルによるハード負学習
- Authors: Zonghao Liu, Lei Su, Jiguang Yu, Xuqing Geng, Louis Shuo Wang, Jianmin Wang, Jingfeng Liu,
- Abstract要約: 機能組織単位(FTU)は、組織学的に局所的な免疫、血管、上皮組織をコードする。
FTUは、しばしばスパースであり、異種であり、多くの形態学的に類似した背景組織に囲まれている。
FTU-Seekは、スパースFTUセグメンテーションのキーコンポーネントとして、負のパッチ選択を扱う。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 9.82530177123988
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: Functional tissue units (FTUs), including tertiary lymphoid structures (TLSs), blood vessels, and glands, encode localized immune, vascular, and epithelial organization in histopathology. Accurate quantification of these structures is important for studying tissue architecture and disease-associated tissue organization. However, FTUs are frequently sparse, heterogeneous, and surrounded by large amounts of morphologically similar background tissue, making automated segmentation in whole-slide images (WSIs) challenging. We therefore developed FTU-Seek, a pathology foundation model-guided framework that treats morphology-aware negative-patch selection as a key component of sparse FTU segmentation. FTU-Seek uses frozen multi-depth features from the UNI pathology foundation model to train a patch-level classifier that distinguishes FTU-containing from FTU-absent tissue. Target-absent patches are subsequently ranked according to their predicted target-containing probabilities, and the highest-scoring hard negatives are selected through a static Top$K$ strategy to construct compact segmentation training sets. The framework was evaluated using five-fold cross-validation and internal test cohorts across TLS, blood-vessel, and gland segmentation tasks, with an additional independent 30-WSI held-out cohort for TLS. Positive-only, all-tissue, random-negative, and matched random Top$K$ sampling strategies served as comparators. Segmentation-derived phenotypes were further explored in external TCGA cohorts.
- Abstract(参考訳): 第3のリンパ構造(TLS)、血管、腺を含む機能組織単位(FTU)は、組織学的に局所的な免疫、血管、上皮組織をコードする。
これらの構造の正確な定量化は、組織構造と疾患関連組織組織を研究する上で重要である。
しかし、FTUはしばしばスパースで異質であり、多くの形態学的に類似した背景組織に囲まれており、全スライディング画像(WSI)の自動分割は困難である。
そこで我々はFTU-Seekを開発した。FTUセグメンテーションのキーコンポーネントとして形態素認識のネガティブパッチ選択を扱う病理基盤モデル誘導フレームワークである。
FTU-Seekは、FTU含有組織とFTU含有組織を区別するパッチレベルの分類器を訓練するために、UNI病理基盤モデルからの凍結した多深度特徴を使用する。
その後、ターゲット依存パッチは予測された目標を含む確率に応じてランク付けされ、最も高いスコアのハード・ネガは、コンパクトなセグメンテーション・トレーニングセットを構築するための静的Top$K$戦略によって選択される。
この枠組みはTLS, 血管, 腺分画の5倍のクロスバリデーションと内部テストコホートを用いて評価され, 追加の独立した30-WSIホールドアウトコホートをTLSに導入した。
正にのみ、全タスク、ランダム陰性、一致したランダムなTop$K$サンプリング戦略はコンパレータとして機能した。
セグメンテーション由来の表現型は、外部のTCGAコホートでさらに研究された。
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