論文の概要: Representation Bias, Correction Transfer, and Resolution Sensitivity in Three-Dimensional Mitochondrial Morphometry
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2610.07582v1
- Date: Tue, 06 Oct 2026 01:18:00 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2026-10-08 02:58:29.74272
- Title: Representation Bias, Correction Transfer, and Resolution Sensitivity in Three-Dimensional Mitochondrial Morphometry
- Title（参考訳）: 三次元ミトコンドリア形態計測における表現バイアス, 補正伝達, 分解能感度
- Abstract要約: 光学顕微鏡用3次元ミトコンドリア形状ライブラリの2,720個の開発オブジェクトを使用する。
占有率由来の容積は平均3.665%の基準メッシュ容積を超えることがわかった。
占有性に起因した特徴を用いた凍結回帰は、同じ資源から2,728個の未使用物体において、中央値の絶対誤差を3.481%から0.664%に減少させる。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 1.1344265020822928
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: Quantitative imaging pipelines can produce precise but systematically different measurements of the same object. We present an empirical reliability assessment of three-dimensional mitochondrial morphometry that connects representation bias, a controlled processing intervention, correction transfer, and resolution sensitivity. Using 2,720 development objects from the 3D Mitochondria Shape Library for Optical Microscopy, we find that occupancy-derived volumes exceed reference mesh volumes by 3.665% on average despite an intraclass correlation coefficient of 0.994. Boundary analysis identifies an outward label displacement of 0.00304 normalized units. In a controlled label-pipeline reimplementation, removing the depth offset reduces volume error in all 55 analyzed objects by a mean of 1.57 percentage points, approximately 45% of mean reproduced inflation; the source of the remainder is not isolated. A frozen regression using occupancy-derived features reduces median absolute percentage error from 3.481% to 0.664% in 2,728 previously unused objects from the same resource. However, its calibrated error bound covers only 92.1% overall and 49.2% in a low-occupancy subgroup, demonstrating that accuracy and uncertainty transfer must be evaluated separately. In 550 rat-cortex objects from the MitoEM resource, coarsening in-plane spacing from 8 to 24 nanometers changes median surface area by minus 10.60% and sphericity by plus 11.76%, despite a rank correlation of 0.994. These results provide quantitative checks for distinguishing processing-induced descriptor changes from candidate biological differences, without establishing biological invariance or cross-source correction transfer.
- Abstract（参考訳）: 定量的イメージングパイプラインは、同じ物体の正確だが体系的に異なる測定値を生成することができる。
本稿では,表現バイアス,制御処理介入,補正伝達,分解感度を結合する3次元ミトコンドリア形態計測の信頼性を実証的に評価する。
3D Mitochondria Shape Library for Optical Microscopyの2,720個の開発オブジェクトを用いて,クラス内相関係数が0.994であるにもかかわらず,占有率由来の体積が平均3.665%を超えることを発見した。
境界解析は、0.00304正規化単位の外向きラベル変位を特定する。
制御されたラベル-ピペリン再実装において、深さオフセットの除去は、分析対象55の体積誤差を平均1.57パーセント、平均再生インフレーションの約45%で減少させる。
占有性に起因した特徴を用いた凍結回帰は、同じ資源から2,728個の未使用物体において、中央値の絶対誤差を3.481%から0.664%に減少させる。
しかし、その校正誤差境界は、全体の92.1%と低占有サブグループで49.2%しかカバーせず、正確さと不確実性転送を別々に評価する必要があることを証明している。
MitoEM資源から得られた550個のラット・コルテックス・オブジェクトでは、8ナノメートルから24ナノメートルまでの面の粗い間隔が中央値の面積を10.60%、球状度を11.76%変化させるが、相関は0.994である。
これらの結果は、生物学的な不変性やクロスソースな修正伝達を確立することなく、処理によって引き起こされる生物学的な違いと区別するための定量的なチェックを提供する。
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