論文の概要: Masked Feature Encoding for Large-Scale Whole Slide Image Representation
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2610.10225v1
- Date: Wed, 07 Oct 2026 15:17:17 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2026-10-08 21:58:22.988882
- Title: Masked Feature Encoding for Large-Scale Whole Slide Image Representation
- Title(参考訳): 大規模全スライド画像表現のためのマスク付き特徴符号化
- Abstract要約: 計算病理学における全スライド画像(WSI)解析は、多重インスタンス学習(MIL)パイプラインに従う。
マルチインスタンス学習(MFE-MIL)のためのマスケ機能リミを提案する。
MFE-MILは、窓ベースのマスク付き再構築ブランチとMIL分類ヘッドとを併用して軽量アダプタを訓練する。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 12.164872792992108
- License: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
- Abstract: Whole slide image (WSI) analysis in computational pathology follows a multiple instance learning (MIL) pipeline where patch embeddings are extracted independently and aggregated for slide-level prediction, but within-slide variance from staining, scanner, and local texture can overwhelm the discriminative signal. We propose Masked Feature Encoding for Multiple Instance Learning (MFE-MIL), a feature-space masking framework that trains a lightweight MLP adapter jointly with a window-based masked reconstruction branch and a MIL classification head. The two objectives are complementary. Classification guides the adapter to suppress within-slide patch variance, while window-based masked reconstruction provides an auxiliary regularizer for the adapted features without using patch coordinates, coordinate graphs, or segmentation preprocessing. The raster patch-extraction order is used only as a weak implicit prior. At inference, the decoder is removed, leaving only the adapter and MIL head. Across CAMELYON16/17, PANDA, and TCGA-BRCA with four diverse encoders, MFE-MIL improves ACC/F1 for nearly all tested aggregator-encoder settings and AUC in most, outperforms coordinate-based spatial methods (CAMIL), and achieves higher AUC than 2DMamba on three of four datasets (UNI). On five TCGA survival cohorts it improves the average concordance index for every aggregator tested, its most consistent gain. Code is available at https://github.com/AtlasAnalyticsLab/MFE-MIL.
- Abstract(参考訳): 計算病理学における全スライド画像(WSI)解析は、パッチの埋め込みを独立して抽出し、スライドレベルの予測のために集約するマルチインスタンス学習(MIL)パイプラインに従うが、染色、スキャナ、局所テクスチャからのスライダー内分散は識別信号を圧倒することができる。
MFE-MIL(Masked Feature Encoding for Multiple Instance Learning)は、ウィンドウベースのマスク付き再構築ブランチとMIL分類ヘッドとを併用して軽量MLPアダプタをトレーニングする特徴空間マスキングフレームワークである。
2つの目的は相補的である。
一方、ウィンドウベースのマスク付き再構成は、パッチ座標、座標グラフ、セグメンテーション前処理を使わずに、適応された機能のための補助的な正規化を提供する。
ラスターパッチ抽出順序は、弱い暗黙の先行としてのみ使用される。
推論時にデコーダは取り除かれ、アダプタとMILヘッドのみが残る。
CAMELYON16/17、PANDA、TGA-BRCAの4つのエンコーダ、MFE-MILは、ほぼ全てのテストアグリゲータ-エンコーダ設定に対してACC/F1を改善し、ほとんどの場合、AUCは座標ベースの空間法(CAMIL)より優れており、4つのデータセット(UNI)のうち3つで2DMambaよりも高いAUCを達成する。
TCGAサバイバルコホート5つでは、テストされた各アグリゲータの平均一致指数が向上し、最も一貫した利得が得られる。
コードはhttps://github.com/AtlasAnalyticsLab/MFE-MILで入手できる。
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