論文の概要: GPU-Accelerated Computation of Persistent Homology for Topological Analysis of Image Data
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2610.10959v1
- Date: Wed, 07 Oct 2026 22:24:54 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2026-10-10 02:36:53.689549
- Title: GPU-Accelerated Computation of Persistent Homology for Topological Analysis of Image Data
- Title(参考訳): 画像データのトポロジ解析のためのGPUによる永続ホモロジー計算
- Abstract要約: TopoGPUはGPUストリーミングパイプラインで、2Dおよび3D画像によって誘導される立方体複合体の永続化図を計算する。
TopoGPUはオープンソースで、ビルド済みのバイナリ、Google Colabノートブック、DockerイメージがプロジェクトのGitHubページで公開されている。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 9.62936031948494
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: In recent years, persistent homology has seen rapid adoption in deep learning, yet its computation remains a major bottleneck in network training. This paper introduces TopoGPU, a GPU streaming pipeline that computes persistence diagrams of cubical complexes induced by 2D and 3D images. TopoGPU streams the input image chunk by chunk, processing each chunk with massively parallel GPU kernels on a grid of GPU blocks; the resulting boundary relations are accumulated in host memory, where the CPU performs the boundary matrix reduction. TopoGPU introduces a stratification-aware discrete Morse matching that provably preserves persistent homology under streaming, together with a parallel topological sorting algorithm and a parallel V-path parity algorithm for deriving Morse boundaries on the GPU. TopoGPU outperforms Cubical Ripser, a state-of-the-art method for persistent homology computation, on every benchmark evaluated, achieving an average end-to-end speedup of 53.24x and a maximum of 198.01x. We further integrate TopoGPU into a topology-preserving deep network, demonstrating that it substantially reduces the cost of persistent homology computation during network training. TopoGPU is open source, with pre-built binaries, Google Colab notebooks, and Docker images available at the project's GitHub page: https://github.com/seravee08/GPU-Computation-of-Persistent-Homology-for-Image-Data.
- Abstract(参考訳): 近年、永続的ホモロジーはディープラーニングに急速に採用されているが、その計算はネットワークトレーニングにおいて大きなボトルネックとなっている。
本稿では,2次元および3次元画像によって誘導される立方体複合体の永続化図を計算するGPUストリーミングパイプラインであるTopoGPUを紹介する。
TopoGPUは入力イメージチャンクをチャンク単位でストリームし、各チャンクをGPUブロックのグリッド上に巨大な並列GPUカーネルで処理する。
TopoGPUは、ストリーミング下の永続的ホモロジーを確実に保存する階層化対応の離散モースマッチングと、GPU上のモース境界を導出するための並列位相ソートアルゴリズムと並列Vパスパリティアルゴリズムを導入している。
TopoGPUは、評価されたすべてのベンチマークにおいて、永続ホモロジー計算のための最先端の手法であるキュービカル・リプサーを上回り、平均的なエンドツーエンドのスピードアップ 53.24x と最大 198.01x を達成する。
さらに,トポロジ保存型深層ネットワークにTopoGPUを組み込むことにより,ネットワークトレーニングの持続的ホモロジー計算のコストを大幅に削減できることを示す。
TopoGPUはオープンソースで、ビルド済みバイナリ、Google Colabノートブック、DockerイメージがプロジェクトのGitHubページで公開されている。
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