論文の概要: mdRNAcat: A Molecular Dynamics RNA Catalog of REST2 Conformational Ensembles

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2610.35204v2
• Date: Tue, 27 Oct 2026 10:19:38 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2026-10-29 04:15:49.171296
• Title: mdRNAcat: A Molecular Dynamics RNA Catalog of REST2 Conformational Ensembles
• Title（参考訳）: mdRNAcat: REST2コンフォーメーションアンサンブルの分子動力学RNAカタログ
• Abstract要約: mdRNAcatは48のRNA系の全原子分子動力学シミュレーションのキュレートされたデータセットである。 それぞれのシステムは、ソリュートスケーリングによるレプリカ交換を用いてシミュレートされ、32のハミルトン状態と1状態あたり200-300 nsのプロダクション長を持つ。 座標と力は基準状態に対して1ps間隔で利用可能であり、標準HDF5フォーマットではすべての状態に対して100ps間隔で利用可能である。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 35.36006088809859
• License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
• Abstract: Learning molecular models of RNA requires simulation data that capture conformational variability and provide consistent physical training signals. Here, we introduce mdRNAcat, a curated dataset of all-atom molecular dynamics (MD) simulations of 48 RNA systems selected to promote sequence diversity. Each system is simulated using replica-exchange with solute scaling (REST2), with 32 Hamiltonian states and production lengths of 200-300 ns per state. The dataset provides atomic coordinates, instantaneous forces, and forces reevaluated under the unscaled reference Hamiltonian, together with structural annotations and replica-exchange metadata. Coordinates and forces are available at 1 ps intervals for the reference state and 100 ps intervals across all states in a standardized HDF5 format. We characterize conformational sampling, exchange behavior, base pairing, and sugar-pucker distributions to document the properties of the simulated ensembles. mdRNAcat provides a reusable resource for developing and evaluating data-driven RNA models, including coarse-grained force fields.
• Abstract（参考訳）: RNAの分子モデルを学ぶには、コンフォメーションの多様性を捉え、一貫した物理的訓練信号を提供するシミュレーションデータが必要である。 そこで本研究では,48個のRNA系の全原子分子動力学(MD)シミュレーションをキュレートしたデータセットであるmdRNAcatを紹介する。 各システムは、ソリュートスケーリング(REST2)によるレプリカ交換を使用してシミュレートされる。 このデータセットは、構造アノテーションとレプリカ交換メタデータとともに、非スケール参照ハミルトン的の下で再評価された原子座標、即時力、力を提供する。 座標と力は基準状態に対して1ps間隔で利用可能であり、標準HDF5フォーマットではすべての状態に対して100ps間隔で利用可能である。 模擬アンサンブルの特性を示すため, コンフォメーションサンプリング, 交換挙動, 塩基対, 糖-プッカー分布を特徴付ける。 mdRNAcatは、粗粒の力場を含むデータ駆動型RNAモデルの開発と評価のための再利用可能なリソースを提供する。

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