論文の概要: Abstention Spends Its Budget on Local Label Variance More Than on Novelty: Auditing Conformal Calibration and Selective Prediction under Molecular Scaffold Shift
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2611.01512v1
- Date: Sun, 01 Nov 2026 03:44:38 GMT
- ステータス: 情報取得中
- システム内更新日: 2026-11-03 19:19:49.129595
- Title: Abstention Spends Its Budget on Local Label Variance More Than on Novelty: Auditing Conformal Calibration and Selective Prediction under Molecular Scaffold Shift
- Title(参考訳): 新規性よりも局所的なラベル変動に予算を割く--分子スカフォールドシフトによるコンフォーマルキャリブレーションと選択予測の検証
- Abstract要約: 分割共形キャリブレーションによる選択的予測は、分子特性予測のためのポストホック固定を約束する。
本研究では,Bemis-Murcko足場分割法を用いて,リポフィリシティ(回帰)とBBBP(分類)の勾配型指紋モデルの評価を行った。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 0.0
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- Abstract: Selective prediction with split conformal calibration promises a post-hoc fix for molecular property prediction: abstain on the least reliable compounds, ideally out-of-distribution chemistry, and the retained set becomes trustworthy without retraining. We audit this recipe for a gradient-boosted fingerprint model on lipophilicity (regression) and BBBP (classification) under a Bemis-Murcko scaffold split, holding the fitted model and evaluation molecules fixed while varying only the calibration fold (18 replicates). (i) On lipophilicity, coverage depends on calibration provenance: calibrating on held-out training-scaffold molecules falls below nominal (PICP 0.841 at a 0.90 target), while novel-scaffold calibration recovers it (0.904); on BBBP, coverage stays above nominal in every regime. (ii) For split conformalized quantile regression (CQR) the conformal correction is a constant, so conformalization does not change what is abstained on. (iii) The abstention score (CQR width; effectively ensemble variance on BBBP) tracks local label variance more than chemical novelty: controlling for local label variance largely explains away the novelty association (partial Spearman 0.067 and 0.047). (iv) At a fixed assay budget, gating on interval width or ensemble variance never improves hit precision over ranking by point prediction, at the pre-specified operating point or across 20 exploratory settings; a plain novelty gate shows small, uncorrected gains at the smallest budgets. (v) In an exploratory analysis, exact conformal selection exceeds its false discovery rate target under training-scaffold calibration (0.303 at q=0.2) and is consistent with it under novel-scaffold calibration, contributing a data-driven batch size rather than a better ranking. Conformalization earns its keep through guarantees whose validity hinges on calibration provenance, not by choosing what to abstain on.
- Abstract(参考訳): 分割共役キャリブレーションによる選択的な予測は、分子特性予測のための保温後の固定を約束する:最も信頼性の低い化合物を排除し、理想的には分配化学を外し、保持された集合は再訓練せずに信頼できるものとなる。
本研究では, ベミス・ムルッコの足場分割下での脂肪度(回帰)とBBBP(分類)について, キャリブレーション・フォールド(18個の複製)のみを変化させながら, 固定されたモデルと評価分子を保ちながら, 勾配型指紋モデルを用いて評価を行った。
(i)リポフィリティーでは、キャリブレーションの達成度に依拠し、ホールドアウトトレーニング・スカフォールド分子のキャリブレーションは名目以下 (PICP 0.841 at a 0.90 target)、ノベル・スカフォールド・キャリブレーションはそれを回復する (0.904)、BBBPでは各系においてカバーが名目以下である。
(ii) 分割共形量子化回帰 (CQR) に対して、共形補正は定数であるので、共形化は吸収されるものを変えない。
三 BBBPの吸収率(CQR幅、実質的にBBBPのアンサンブル分散)は、ケミカル・ノベルティ以上の局所的なラベルのばらつきをトラックし、局所的なラベルのばらつきを制御することにより、新規性関連を解消する(Partial Spearman 0.067,0.047)。
四 定評価予算において、間隔幅又はアンサンブルのばらつきにより、所定操作点又は20の探索的設定において、点予測による順位よりも精度を向上しない。
(v) 探索的分析において、正確な等式選択は、トレーニング・スキャフォールド・キャリブレーション(0.303 at q=0.2)の下での偽発見率目標を超え、新しいスキャフォールド・キャリブレーションの下では整合し、より良いランキングではなく、データ駆動バッチサイズに寄与する。
コンフォーマル化は、キャリブレーションの証明に影響を及ぼす保証を通じて維持される。
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