論文の概要: Subsampling Winner Algorithm for Feature Selection in Large Regression Data

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2002.02903v1
• Date: Fri, 7 Feb 2020 17:01:59 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2023-01-03 04:00:57.433350
• Title: Subsampling Winner Algorithm for Feature Selection in Large Regression Data
• Title（参考訳）: 大規模回帰データにおける特徴選択のためのサブサンプリング勝者アルゴリズム
• Authors: Yiying Fan and Jiayang Sun
• Abstract要約: SWA(Subsampling Winner Algorithm)は「ファイナリスト」の選択に使用されるアルゴリズムである。 SWAはベンチマークプロシージャとランダムフォレストと比較して、最高の制御された実際のFDRを持っている。 Broad Instituteの卵巣血清性嚢胞腺癌標本に対するSWAの応用により,機能的に重要な遺伝子と経路が明らかとなった。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.0
• License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
• Abstract: Feature selection from a large number of covariates (aka features) in a regression analysis remains a challenge in data science, especially in terms of its potential of scaling to ever-enlarging data and finding a group of scientifically meaningful features. For example, to develop new, responsive drug targets for ovarian cancer, the actual false discovery rate (FDR) of a practical feature selection procedure must also match the target FDR. The popular approach to feature selection, when true features are sparse, is to use a penalized likelihood or a shrinkage estimation, such as a LASSO, SCAD, Elastic Net, or MCP procedure (call them benchmark procedures). We present a different approach using a new subsampling method, called the Subsampling Winner algorithm (SWA). The central idea of SWA is analogous to that used for the selection of US national merit scholars. SWA uses a "base procedure" to analyze each of the subsamples, computes the scores of all features according to the performance of each feature from all subsample analyses, obtains the "semifinalist" based on the resulting scores, and then determines the "finalists," i.e., the most important features. Due to its subsampling nature, SWA can scale to data of any dimension in principle. The SWA also has the best-controlled actual FDR in comparison with the benchmark procedures and the randomForest, while having a competitive true-feature discovery rate. We also suggest practical add-on strategies to SWA with or without a penalized benchmark procedure to further assure the chance of "true" discovery. Our application of SWA to the ovarian serous cystadenocarcinoma specimens from the Broad Institute revealed functionally important genes and pathways, which we verified by additional genomics tools. This second-stage investigation is essential in the current discussion of the proper use of P-values.
• Abstract（参考訳）: 回帰分析における多数の共変量(いわゆる特徴)の特徴選択は、データサイエンスにおける課題であり、特にデータの拡大と科学的に意味のある特徴のグループを見つける可能性においてである。 例えば、卵巣癌に対する新しい応答性薬物標的を開発するには、実用的な特徴選択手順の実際の偽発見率(FDR)もターゲットFDRと一致しなければならない。 機能選択の一般的なアプローチは、真の機能が不足している場合、LASSO、SCAD、Elastic Net、MSPプロシージャ(それらをベンチマーク手順と呼ぶ)のようなペナル化可能性または縮小推定を使用することである。 本稿では,新しいサブサンプリング法であるsubsampling winner algorithm (swa) を用いて,異なる手法を提案する。 SWAの中心的な考え方は、アメリカの国家功労学者の選考に使われたものと類似している。 SWAは、各サブサンプルの分析に"ベースプロシージャ"を使用し、全てのサブサンプル分析から各機能のパフォーマンスに応じて全ての特徴のスコアを計算し、結果のスコアに基づいて「セミファイナリスト」を取得し、次に「ファイナリスト」、すなわち最も重要な特徴を決定する。 サブサンプリングの性質のため、SWAは原則として任意の次元のデータにスケールすることができる。 SWAは、ベンチマークプロシージャやランダムフォレストと比較して最高の制御された実際のFDRを持ち、競合する真の機能発見レートを持っている。 また,「真の」発見の可能性をさらに確保するために,ペナライズされたベンチマーク手順の有無に関わらず,swaに実用的なアドオン戦略を提案する。 Broad Instituteの卵巣血清性嚢胞腺癌標本に対するSWAの応用により,機能的に重要な遺伝子と経路が明らかとなり,追加のゲノミクスツールで検証した。 この第2段階の研究は、P値の適切な使用に関する現在の議論において不可欠である。

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