論文の概要: Investigating the potential for a limited quantum speedup on protein
lattice problems
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2004.01118v2
- Date: Tue, 18 May 2021 14:42:15 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2023-05-27 03:17:05.236973
- Title: Investigating the potential for a limited quantum speedup on protein
lattice problems
- Title(参考訳): タンパク質格子問題における制限量子スピードアップの可能性の検討
- Authors: Carlos Outeiral, Garrett M. Morris, Jiye Shi, Martin Strahm, Simon C.
Benjamin and Charlotte M. Deane
- Abstract要約: タンパク質の折り畳みは計算生物学における中心的な課題であり、分子生物学、薬物発見、触媒設計において重要な応用である。
量子アルゴリズムはタンパク質の折り畳みと構造予測領域の問題を改善するかもしれない。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 0.0
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: Protein folding is a central challenge in computational biology, with
important applications in molecular biology, drug discovery and catalyst
design. As a hard combinatorial optimisation problem, it has been studied as a
potential target problem for quantum annealing. Although several experimental
implementations have been discussed in the literature, the computational
scaling of these approaches has not been elucidated. In this article, we
present a numerical study of quantum annealing applied to a large number of
small peptide folding problems, aiming to infer useful insights for near-term
applications. We present two conclusions: that even naive quantum annealing,
when applied to protein lattice folding, has the potential to outperform
classical approaches, and that careful engineering of the Hamiltonians and
schedules involved can deliver notable relative improvements for this problem.
Overall, our results suggest that quantum algorithms may well offer
improvements for problems in the protein folding and structure prediction
realm.
- Abstract(参考訳): タンパク質の折りたたみは計算生物学における中心的な課題であり、分子生物学、創薬、触媒設計における重要な応用である。
ハードコンビネート最適化問題として、量子アニーリングの潜在的なターゲット問題として研究されている。
いくつかの実験的な実装が文献で議論されているが、これらのアプローチの計算スケーリングは解明されていない。
本稿では,多数の小ペプチド折り畳み問題に適用する量子アニーリングの数値的研究を行い,短期的応用に有用な知見を推察することを目的とした。
2つの結論として、タンパク質格子の折り畳みに適用した場合、ナイーブな量子アニールさえも古典的アプローチより優れている可能性があり、ハミルトン派や関連するスケジュールの注意深いエンジニアリングはこの問題に対して顕著な相対的な改善をもたらす。
全体として、量子アルゴリズムはタンパク質の折り畳みや構造予測領域の問題を改善できる可能性が示唆された。
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