論文の概要: Image-based phenotyping of diverse Rice (Oryza Sativa L.) Genotypes
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2004.02498v1
- Date: Mon, 6 Apr 2020 09:04:14 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2022-12-16 07:20:33.592672
- Title: Image-based phenotyping of diverse Rice (Oryza Sativa L.) Genotypes
- Title(参考訳): 多様なイネ(Oryza Sativa L.)遺伝子群のイメージベース表現型
- Authors: Mukesh Kumar Vishal, Dipesh Tamboli, Abhijeet Patil, Rohit Saluja,
Biplab Banerjee, Amit Sethi, Dhandapani Raju, Sudhir Kumar, R N Sahoo,
Viswanathan Chinnusamy, J Adinarayana
- Abstract要約: 高収量米品種の必要性は、インド、中国、その他のアジア・アフリカ諸国などの発展途上国にとって大きな懸念事項である。
総計150種の遺伝子型がニューデリーのインド農業研究インド農業研究所ナナジムフ植物フェノミクスセンター(英語版)のハイ・スループ・プラント・フェノミクス施設で栽培された。
葉先検出と植物の葉数推定のために、You Only Look Once (YOLO)ディープラーニングアルゴリズムを訓練した。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 11.592053428575854
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: Development of either drought-resistant or drought-tolerant varieties in rice
(Oryza sativa L.), especially for high yield in the context of climate change,
is a crucial task across the world. The need for high yielding rice varieties
is a prime concern for developing nations like India, China, and other
Asian-African countries where rice is a primary staple food. The present
investigation is carried out for discriminating drought tolerant, and
susceptible genotypes. A total of 150 genotypes were grown under controlled
conditions to evaluate at High Throughput Plant Phenomics facility, Nanaji
Deshmukh Plant Phenomics Centre, Indian Council of Agricultural Research-Indian
Agricultural Research Institute, New Delhi. A subset of 10 genotypes is taken
out of 150 for the current investigation. To discriminate against the
genotypes, we considered features such as the number of leaves per plant, the
convex hull and convex hull area of a plant-convex hull formed by joining the
tips of the leaves, the number of leaves per unit convex hull of a plant,
canopy spread - vertical spread, and horizontal spread of a plant. We trained
You Only Look Once (YOLO) deep learning algorithm for leaves tips detection and
to estimate the number of leaves in a rice plant. With this proposed framework,
we screened the genotypes based on selected traits. These genotypes were
further grouped among different groupings of drought-tolerant and drought
susceptible genotypes using the Ward method of clustering.
- Abstract(参考訳): イネ(Oryza sativa L.)の耐乾燥性・耐乾燥性品種の開発は、特に気候変動の文脈で高い収量を達成するために、世界中の重要な課題である。
高収量米品種の必要性は、インド、中国、および米が主要な主食であるアジア・アフリカ諸国などの発展途上国にとって大きな懸念事項である。
本研究は,干ばつ耐性および感受性遺伝子型を判別するためのものである。
インド農業研究インド農業研究所(ニューデリー)のナジ・デシュムフ植物ゲノムセンター(Nanaji Deshmukh Plant Phenomics Centre)において,制御条件下で150種の遺伝子型が育成された。
現在の調査では、10の遺伝子型のサブセットが150から取り除かれている。
遺伝型を判別するために,葉の先端を接合して形成される植物凸殻の葉数,凸殻および凸殻面積,植物の単位凸殻当たりの葉数,キャノピー拡散-垂直展開,植物の水平拡散などの特徴を検討した。
葉先検出のための深層学習アルゴリズムYOLO(You Only Look Once)を訓練し,イネの葉数を推定した。
提案フレームワークでは,選択した形質に基づいて遺伝子型をスクリーニングした。
これらの遺伝子型は、ウォードクラスタリング法を用いて、耐乾性および耐乾性遺伝子型の異なるグループにさらに分類された。
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