論文の概要: Construction and Usage of a Human Body Common Coordinate Framework Comprising Clinical, Semantic, and Spatial Ontologies

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2007.14474v1
• Date: Tue, 28 Jul 2020 20:35:56 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2022-11-06 02:48:26.605353
• Title: Construction and Usage of a Human Body Common Coordinate Framework Comprising Clinical, Semantic, and Spatial Ontologies
• Title（参考訳）: 臨床的・意味的・空間的オントロジーを含む人体共通コーディネート・フレームワークの構築と利用
• Authors: Katy B\"orner, Ellen M. Quardokus, Bruce W. Herr II, Leonard E. Cross, Elizabeth G. Record, Yingnan Ju, Andreas D. Bueckle, James P. Sluka, Jonathan C. Silverstein, Kristen M. Browne, Sanjay Jain, Clive H. Wasserfall, Marda L. Jorgensen, Jeffrey M. Spraggins, Nathan H. Patterson, Mark A. Musen, Griffin M. Weber
• Abstract要約: NIHのHuman Biomolecular Atlas Program(HuBMAP)は、健康な人間のすべての細胞を包括的に高解像度のアトラスにすることを目的としている。 これを実現するための鍵は、ボディ全体に意味論的に注釈付けされた3D参照システムを提供する'共通コーディネートフレームワーク' (CCF) である。 CCFは、HuBMAPへのコントリビュータが共通の空間参照システム内での標本とデータセットの登録を可能にする。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.6741363399370126
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: The National Institutes of Health's (NIH) Human Biomolecular Atlas Program (HuBMAP) aims to create a comprehensive high-resolution atlas of all the cells in the healthy human body. Multiple laboratories across the United States are collecting tissue specimens from different organs of donors who vary in sex, age, and body size. Integrating and harmonizing the data derived from these samples and 'mapping' them into a common three-dimensional (3D) space is a major challenge. The key to making this possible is a 'Common Coordinate Framework' (CCF), which provides a semantically annotated, 3D reference system for the entire body. The CCF enables contributors to HuBMAP to 'register' specimens and datasets within a common spatial reference system, and it supports a standardized way to query and 'explore' data in a spatially and semantically explicit manner. [...] This paper describes the construction and usage of a CCF for the human body and its reference implementation in HuBMAP. The CCF consists of (1) a CCF Clinical Ontology, which provides metadata about the specimen and donor (the 'who'); (2) a CCF Semantic Ontology, which describes 'what' part of the body a sample came from and details anatomical structures, cell types, and biomarkers (ASCT+B); and (3) a CCF Spatial Ontology, which indicates 'where' a tissue sample is located in a 3D coordinate system. An initial version of all three CCF ontologies has been implemented for the first HuBMAP Portal release. It was successfully used by Tissue Mapping Centers to semantically annotate and spatially register 48 kidney and spleen tissue blocks. The blocks can be queried and explored in their clinical, semantic, and spatial context via the CCF user interface in the HuBMAP Portal.
• Abstract（参考訳）: 国立衛生研究所(NIH)のヒト生体分子アトラスプログラム(HuBMAP)は、健康なヒトのすべての細胞の包括的高解像度アトラスを作成することを目的としている。 アメリカ合衆国中の複数の研究所が、性別、年齢、体の大きさの異なるドナーの異なる臓器から組織標本を集めている。 これらのサンプルから得られたデータを統合して調和させ、3次元の共通空間に「マッピング」することは大きな課題である。 これを可能にする鍵となるのは、全身に意味論的に注釈付けされた3D参照システムを提供する「共通コーディネートフレームワーク」(CCF)である。 CCFは、HuBMAPへのコントリビュータが共通の空間参照システム内で標本やデータセットを'登録'することを可能にし、空間的および意味的に明示的な方法でデータのクエリと'探索'を行うための標準化された方法をサポートする。 [...]本論文は人体用CCFの構築と使用法とHuBMAPにおける参照実装について述べる。 CCFは、(1)検体とドナーに関するメタデータを提供するCCF臨床オントロジー(the 'who')、(2)検体から来た身体の「何」部分を記述し、解剖学的構造、細胞タイプ、バイオマーカー(ASCT+B)を詳細に記述するCCFセマンティックオントロジー、(3)組織サンプルが3D座標系内にある場所を示すCCF空間オントロジーからなる。 3つのCCFオントロジーの初期バージョンが最初のHuBMAP Portalリリースのために実装されている。 組織マッピングセンターは48個の腎臓と脾臓の組織ブロックを意味的に注釈し、空間的に登録することに成功した。 これらのブロックは、hubmapポータルのccfユーザインターフェースを介して、臨床的、セマンティック、空間的コンテキストでクエリおよび検討することができる。

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