論文の概要: A hybrid deep-learning approach for complex biochemical named entity recognition

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2012.10824v1
• Date: Sun, 20 Dec 2020 01:30:07 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2021-05-01 04:47:48.686701
• Title: A hybrid deep-learning approach for complex biochemical named entity recognition
• Title（参考訳）: 複雑生化学的エンティティ認識のためのハイブリッドディープラーニングアプローチ
• Authors: Jian Liu, Lei Gao, Sujie Guo, Rui Ding, Xin Huang, Long Ye, Qinghua Meng, Asef Nazari and Dhananjay Thiruvady
• Abstract要約: 化学物質と薬物のエンティティ認識(ner)は生化学研究において重要な情報抽出領域である。 本稿では,NERの認識精度向上のためのハイブリッド深層学習手法を提案する。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 9.657827522380712
• License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
• Abstract: Named entity recognition (NER) of chemicals and drugs is a critical domain of information extraction in biochemical research. NER provides support for text mining in biochemical reactions, including entity relation extraction, attribute extraction, and metabolic response relationship extraction. However, the existence of complex naming characteristics in the biomedical field, such as polysemy and special characters, make the NER task very challenging. Here, we propose a hybrid deep learning approach to improve the recognition accuracy of NER. Specifically, our approach applies the Bidirectional Encoder Representations from Transformers (BERT) model to extract the underlying features of the text, learns a representation of the context of the text through Bi-directional Long Short-Term Memory (BILSTM), and incorporates the multi-head attention (MHATT) mechanism to extract chapter-level features. In this approach, the MHATT mechanism aims to improve the recognition accuracy of abbreviations to efficiently deal with the problem of inconsistency in full-text labels. Moreover, conditional random field (CRF) is used to label sequence tags because this probabilistic method does not need strict independence assumptions and can accommodate arbitrary context information. The experimental evaluation on a publicly-available dataset shows that the proposed hybrid approach achieves the best recognition performance; in particular, it substantially improves performance in recognizing abbreviations, polysemes, and low-frequency entities, compared with the state-of-the-art approaches. For instance, compared with the recognition accuracies for low-frequency entities produced by the BILSTM-CRF algorithm, those produced by the hybrid approach on two entity datasets (MULTIPLE and IDENTIFIER) have been increased by 80% and 21.69%, respectively.
• Abstract（参考訳）: 化学物質と薬物のエンティティ認識(ner)は生化学研究において重要な情報抽出領域である。 NERは、実体関係抽出、属性抽出、代謝応答関係抽出を含む生化学反応におけるテキストマイニングのサポートを提供する。 しかし, バイオメディカル分野において, ポリセミーや特殊キャラクタといった複雑な命名特性の存在は, NERタスクを非常に困難にしている。 本稿では,NERの認識精度を向上させるためのハイブリッドディープラーニング手法を提案する。 具体的には,変換器 (BERT) モデルを用いてテキストの基本的な特徴を抽出し,BILSTM (Bidirectional Long Short-Term Memory) を通じてテキストのコンテキストの表現を学習し,章レベルの特徴を抽出するためのマルチヘッドアテンション (MHATT) 機構を組み込んだ。 提案手法は,完全テキストラベルにおける不整合問題に効率よく対処するため,略語認識精度の向上を目的としている。 さらに、この確率的手法は厳密な独立性仮定を必要とせず、任意の文脈情報を許容できるため、条件付きランダムフィールド(CRF)を用いてシーケンスタグをラベル付けする。 公開データセットを用いた実験結果から,提案手法が最高の認識性能を発揮すること,特に,最先端のアプローチと比較して,省略,ポリセム,低周波なエンティティの認識性能が著しく向上していることが示唆された。 例えば、BILSTM-CRFアルゴリズムによって生成された低周波天体の認識精度と比較して、2つのエンティティデータセット(MULTIPLEとIDENTIFIER)に対するハイブリッドアプローチによって生成された天体は、それぞれ80%と21.69%増加した。

関連論文リスト

• MRGen: Segmentation Data Engine For Underrepresented MRI Modalities [59.61465292965639]
  稀ながら臨床的に重要な画像モダリティのための医用画像分割モデルの訓練は、注釈付きデータの不足により困難である。 本稿では、生成モデルを利用してトレーニングデータを合成し、未表現のモダリティに対するセグメンテーションモデルを訓練する。
  論文  参考訳（メタデータ） (2024-12-04T16:34:22Z)
• Unlocking Potential Binders: Multimodal Pretraining DEL-Fusion for Denoising DNA-Encoded Libraries [51.72836644350993]
  マルチモーダルプレトレーニング DEL-Fusion Model (MPDF) 我々は,異なる複合表現とそれらのテキスト記述の対比対象を適用した事前学習タスクを開発する。 本稿では, 原子, 分子, 分子レベルでの複合情報をアマルガメートする新しいDEL融合フレームワークを提案する。
  論文  参考訳（メタデータ） (2024-09-07T17:32:21Z)
• Prototype Learning Guided Hybrid Network for Breast Tumor Segmentation in DCE-MRI [58.809276442508256]
  本稿では,畳み込みニューラルネットワーク(CNN)とトランスフォーマー層を組み合わせたハイブリッドネットワークを提案する。 プライベートおよびパブリックなDCE-MRIデータセットの実験結果から,提案したハイブリッドネットワークは最先端の手法よりも優れた性能を示した。
  論文  参考訳（メタデータ） (2024-08-11T15:46:00Z)
• BioMNER: A Dataset for Biomedical Method Entity Recognition [25.403593761614424]
  本稿では,生物医学的手法による実体認識のための新しいデータセットを提案する。 我々は、人間のアノテーションを支援するために、自動的なBioMethodエンティティ認識と情報検索システムを採用している。 実験の結果,言語モデルのパラメータ数が大きくなると,実体抽出パターンの有効同化が著しく阻害されることが判明した。
  論文  参考訳（メタデータ） (2024-06-28T16:34:24Z)
• Spatial Semantic Recurrent Mining for Referring Image Segmentation [63.34997546393106]
  高品質なクロスモーダリティ融合を実現するために,Stextsuperscript2RMを提案する。 これは、言語特徴の分散、空間的意味的再帰的分離、パーセマンティック・セマンティック・バランシングという三部作の作業戦略に従う。 提案手法は他の最先端アルゴリズムに対して好適に機能する。
  論文  参考訳（メタデータ） (2024-05-15T00:17:48Z)
• Joint Multimodal Transformer for Emotion Recognition in the Wild [49.735299182004404]
  マルチモーダル感情認識(MMER)システムは、通常、単調なシステムよりも優れている。 本稿では,キーベースのクロスアテンションと融合するために,ジョイントマルチモーダルトランス (JMT) を利用するMMER法を提案する。
  論文  参考訳（メタデータ） (2024-03-15T17:23:38Z)
• EMBRE: Entity-aware Masking for Biomedical Relation Extraction [12.821610050561256]
  本稿では,関係抽出のためのEMBRE (Entity-Aware Masking for Biomedical Relation extract) 法を提案する。 具体的には、バックボーンモデルとエンティティマスキングの目的を事前学習することにより、エンティティ知識をディープニューラルネットワークに統合する。
  論文  参考訳（メタデータ） (2024-01-15T18:12:01Z)
• Multi-level biomedical NER through multi-granularity embeddings and enhanced labeling [3.8599767910528917]
  本稿では,複数のモデルの強みを統合するハイブリッドアプローチを提案する。 BERTは、文脈化された単語の埋め込み、文字レベルの情報キャプチャのための事前訓練されたマルチチャネルCNN、およびテキスト内の単語間の依存関係のシーケンスラベリングとモデル化のためのBiLSTM + CRFを提供する。 我々は、ベンチマークi2b2/2010データセットを用いて、F1スコア90.11を達成する。
  論文  参考訳（メタデータ） (2023-12-24T21:45:36Z)
• BERM: Training the Balanced and Extractable Representation for Matching to Improve Generalization Ability of Dense Retrieval [54.66399120084227]
  本稿では,BERMと呼ばれるマッチング信号の取得により,高密度検索の一般化を改善する手法を提案する。 センス検索は、ドメイン内のラベル付きデータセットでトレーニングされた場合、第1段階の検索プロセスにおいて有望であることが示されている。
  論文  参考訳（メタデータ） (2023-05-18T15:43:09Z)
• BERT-GT: Cross-sentence n-ary relation extraction with BERT and Graph Transformer [7.262905275276971]
  変換器の双方向表現とグラフ変換器(BERT-GT)を組み合わせた新しいアーキテクチャを提案する。 文全体を利用して現在のトークンの注目度を計算する元のトランスアーキテクチャとは異なり、本手法における隣り合わせ機構は、その隣のトークンのみを用いてその注目度を算出する。 以上の結果より,nタンパク質および化学タンパク質データセットの精度は5.44%と3.89%向上し,F1測定値も改善した。
  論文  参考訳（メタデータ） (2021-01-11T19:34:55Z)
• Biomedical named entity recognition using BERT in the machine reading comprehension framework [16.320249089801884]
  バイオメディカルな名前付きエンティティ認識(BioNER)を実現する新しい手法を提案する。 そこで我々は,BioNERタスクをシーケンスラベリング問題として扱う代わりに,機械読解問題として定式化する。 提案手法は,BC4CHEMD,BC5CDR-Chem,BC5CDR-Disease,NCBI-Disease,BC2GMおよびJNLPBAデータセット上での最先端(SOTA)性能を実現する。
  論文  参考訳（メタデータ） (2020-09-03T10:10:20Z)
• Text Recognition in Real Scenarios with a Few Labeled Samples [55.07859517380136]
  Scene Text Recognition (STR) はコンピュータビジョン分野におけるホットな研究テーマである。 本稿では,数ショットの逆数列領域適応 (FASDA) を用いて構築シーケンスを適応する手法を提案する。 我々のアプローチは、ソースドメインとターゲットドメインの間の文字レベルの混乱を最大化することができる。
  論文  参考訳（メタデータ） (2020-06-22T13:03:01Z)

関連論文リストは本サイト内にある論文のタイトル・アブストラクトから自動的に作成しています。

指定された論文の情報です。
本サイトの運営者は本サイト（すべての情報・翻訳含む）の品質を保証せず、本サイト（すべての情報・翻訳含む）を使用して発生したあらゆる結果について一切の責任を負いません。