論文の概要: Peptipedia: a comprehensive database for peptide research supported by Assembled predictive models and Data Mining approaches

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2101.12210v1
• Date: Thu, 28 Jan 2021 10:59:51 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2023-04-13 11:20:02.504791
• Title: Peptipedia: a comprehensive database for peptide research supported by Assembled predictive models and Data Mining approaches
• Title（参考訳）: Peptipedia: 集合予測モデルとデータマイニングアプローチがサポートするペプチド研究のための総合データベース
• Authors: Cristofer Quiroz, Yasna Barrera Saavedra, Benjam\'in Armijo-Galdames, Juan Amado-Hinojosa, \'Alvaro Olivera-Nappa, Anamaria Sanchez-Daza, and David Medina-Ortiz
• Abstract要約: Peptipediaは、ペプチド配列を検索、解析、分析するためのユーザフレンドリーなデータベースおよびWebアプリケーションである。 本ツールでは,これまでに報告された30のデータベースから情報を統合し,これまでに記録された活動を持つペプチドのリポジトリとして最大である。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.0
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: Motivation: Peptides have attracted the attention in this century due to their remarkable therapeutic properties. Computational tools are being developed to take advantage of existing information, encapsulating knowledge and making it available in a simple way for general public use. However, these are property-specific redundant data systems, and usually do not display the data in a clear way. In some cases, information download is not even possible. This data needs to be available in a simple form for drug design and other biotechnological applications. Results: We developed Peptipedia, a user-friendly database and web application to search, characterise and analyse peptide sequences. Our tool integrates the information from thirty previously reported databases, making it the largest repository of peptides with recorded activities so far. Besides, we implemented a variety of services to increase our tool's usability. The significant differences of our tools with other existing alternatives becomes a substantial contribution to develop biotechnological and bioengineering applications for peptides. Availability: Peptipedia is available for non-commercial use as an open-access software, licensed under the GNU General Public License, version GPL 3.0. The web platform is publicly available at pesb2.cl/peptipedia. Both the source code and sample datasets are available in the GitHub repository https://github.com/CristoferQ/PeptideDatabase. Contact: david.medina@cebib.cl, ana.sanchez@ing.uchile.cl
• Abstract（参考訳）: モチベーション: ペプチドは、その優れた治療的性質から、今世紀において注目を集めてきた。 既存の情報を活用するために計算ツールが開発されており、知識をカプセル化し、一般向けに簡単に利用できるようにしている。 しかしながら、これらはプロパティ固有の冗長データシステムであり、通常は明確な方法でデータを表示しない。 場合によっては、情報のダウンロードすら不可能である。 このデータは、ドラッグデザインやその他のバイオテクノロジーの応用のために、簡単な形で利用できる必要がある。 結果: Peptipediaは,ペプチド配列を検索,解析,解析するためのユーザフレンドリーなデータベースおよびWebアプリケーションである。 これまでに報告された30のデータベースから情報を統合し,これまでに記録された活動を持つペプチドのリポジトリとしては最大である。 さらに、ツールのユーザビリティを高めるために、さまざまなサービスを実装しました。 我々のツールと既存の他の代替品との大きな違いは、ペプチドのバイオテクノロジーおよびバイオエンジニアリング応用の開発に大きく貢献する。 可用性: Peptipediaはオープンアクセスソフトウェアとして非商用で利用可能であり、GNU General Public License、GPL 3.0でライセンスされている。 WebプラットフォームはPesb2.cl/peptipediaで公開されている。 ソースコードとサンプルデータセットは、GitHubリポジトリ https://github.com/CristoferQ/PeptideDatabaseで入手できる。 コンタクト: david.medina@cebib.cl, ana.sanchez@ing.uchile.cl

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