論文の概要: Developmental Stage Classification of EmbryosUsing Two-Stream Neural
Network with Linear-Chain Conditional Random Field
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2107.06360v1
- Date: Tue, 13 Jul 2021 19:56:01 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2021-07-15 14:20:22.050220
- Title: Developmental Stage Classification of EmbryosUsing Two-Stream Neural
Network with Linear-Chain Conditional Random Field
- Title（参考訳）: 線形鎖条件ランダム場を用いた2ストリームニューラルネットワークを用いた胚の発達段階分類
- Authors: Stanislav Lukyanenko, Won-Dong Jang, Donglai Wei, Robbert Struyven,
Yoon Kim, Brian Leahy, Helen Yang, Alexander Rush, Dalit Ben-Yosef, Daniel
Needleman and Hanspeter Pfister
- Abstract要約: 発達段階分類のための2ストリームモデルを提案する。
従来の手法とは異なり、2ストリームモデルでは時間情報と画像情報の両方を受け付けている。
2つのタイムラプス胚ビデオデータセット上で,本アルゴリズムを実証する。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 74.53314729742966
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: The developmental process of embryos follows a monotonic order. An embryo can
progressively cleave from one cell to multiple cells and finally transform to
morula and blastocyst. For time-lapse videos of embryos, most existing
developmental stage classification methods conduct per-frame predictions using
an image frame at each time step. However, classification using only images
suffers from overlapping between cells and imbalance between stages. Temporal
information can be valuable in addressing this problem by capturing movements
between neighboring frames. In this work, we propose a two-stream model for
developmental stage classification. Unlike previous methods, our two-stream
model accepts both temporal and image information. We develop a linear-chain
conditional random field (CRF) on top of neural network features extracted from
the temporal and image streams to make use of both modalities. The linear-chain
CRF formulation enables tractable training of global sequential models over
multiple frames while also making it possible to inject monotonic development
order constraints into the learning process explicitly. We demonstrate our
algorithm on two time-lapse embryo video datasets: i) mouse and ii) human
embryo datasets. Our method achieves 98.1 % and 80.6 % for mouse and human
embryo stage classification, respectively. Our approach will enable more
profound clinical and biological studies and suggests a new direction for
developmental stage classification by utilizing temporal information.
- Abstract（参考訳）: 胚の発生過程は単調な順序に従う。
胚は徐々に1つの細胞から複数の細胞に切断され、最終的にモルラや胚盤胞へと変化する。
胚のタイムラプスビデオでは、既存の発達段階分類法は、各ステップで画像フレームを使用してフレームごとの予測を行う。
しかし、画像のみを用いた分類は、細胞間の重複とステージ間の不均衡に苦しむ。
時間的情報は、隣接するフレーム間の動きをキャプチャすることで、この問題に対処するのに有用である。
本研究では,発達段階分類のための二流モデルを提案する。
従来の手法とは異なり、2ストリームモデルは時間情報と画像情報の両方を受け入れる。
我々は,時間的および画像的ストリームから抽出したニューラルネットワーク機能の上に線形鎖条件付きランダムフィールド(CRF)を構築し,両方のモードを利用する。
線形鎖 CRF の定式化により、グローバルシーケンシャルモデルを複数のフレームで学習可能とし、学習プロセスに単調な開発順序制約を明示的に注入することができる。
このアルゴリズムを2つのタイムラプス胚ビデオデータセット(i)マウスとii)ヒト胚データセットで実証した。
マウスおよびヒト胚ステージの分類において98.1 %, 80.6 %をそれぞれ達成した。
本手法は,より深い臨床・生物学的研究を可能にし,時間的情報を活用した発達段階分類の新たな方向性を示唆する。
関連論文リスト
- Neuromorphic Synergy for Video Binarization [54.195375576583864]
バイモーダルオブジェクトは視覚システムによって容易に認識できる情報を埋め込む視覚形式として機能する。
ニューロモルフィックカメラは、動きのぼかしを緩和する新しい機能を提供するが、最初にブルーを脱色し、画像をリアルタイムでバイナライズするのは簡単ではない。
本稿では,イベント空間と画像空間の両方で独立に推論を行うために,バイモーダル目標特性の事前知識を活用するイベントベースバイナリ再構築手法を提案する。
また、このバイナリ画像を高フレームレートバイナリビデオに伝搬する効率的な統合手法も開発している。
論文 参考訳（メタデータ） (2024-02-20T01:43:51Z) - Denoising Diffusion Probabilistic Models for Image Inpainting of Cell
Distributions in the Human Brain [0.0]
そこで本研究では,細胞-体間染色部の光顕微鏡スキャンにより学習した拡散確率モデル(DDPM)を提案する。
訓練したDDPMは,この目的のために非常にリアルな画像情報を生成でき,可塑性細胞統計と細胞構造パターンを生成できることを示す。
論文 参考訳（メタデータ） (2023-11-28T14:34:04Z) - Self-Supervised Single-Image Deconvolution with Siamese Neural Networks [6.138671548064356]
画像再構成における逆問題は、未知のノイズ特性によって根本的に複雑である。
ディープラーニングの手法は、ノイズのフレキシブルなパラメトリゼーションを可能にし、データから直接その特性を学習する。
我々は3次元デコンボリューションタスクにおけるトレーニング速度アップを提供する高速フーリエ変換畳み込み問題に対処する。
論文 参考訳（メタデータ） (2023-08-18T09:51:11Z) - Unsupervised Domain Transfer with Conditional Invertible Neural Networks [83.90291882730925]
条件付き可逆ニューラルネットワーク(cINN)に基づくドメイン転送手法を提案する。
提案手法は本質的に,その可逆的アーキテクチャによるサイクル一貫性を保証し,ネットワークトレーニングを最大限効率的に行うことができる。
提案手法は,2つの下流分類タスクにおいて,現実的なスペクトルデータの生成を可能にし,その性能を向上する。
論文 参考訳（メタデータ） (2023-03-17T18:00:27Z) - Learning to Exploit Temporal Structure for Biomedical Vision-Language
Processing [53.89917396428747]
視覚言語処理における自己教師あり学習は、画像とテキストのモダリティのセマンティックアライメントを利用する。
トレーニングと微調整の両方で利用できる場合、事前のイメージとレポートを明示的に説明します。
我々のアプローチはBioViL-Tと呼ばれ、テキストモデルと共同で訓練されたCNN-Transformerハイブリッドマルチイメージエンコーダを使用する。
論文 参考訳（メタデータ） (2023-01-11T16:35:33Z) - EmbryosFormer: Deformable Transformer and Collaborative
Encoding-Decoding for Embryos Stage Development Classification [11.773779045556653]
タイムラプス画像から細胞分裂を自動的に検出・分類する計算モデルであるEmbryosFormerを提案する。
提案するネットワークは,コラボレーティブヘッドを用いたエンコーダデコーダデフォーマブルトランスとして設計されている。
提案したEmbryosFormerを,8細胞ステージのマウス胚を用いた公開データセットと4細胞ステージのヒト胚を用いた社内データセットの2つのデータセットでベンチマークした。
論文 参考訳（メタデータ） (2022-10-07T02:54:34Z) - Local Spatiotemporal Representation Learning for
Longitudinally-consistent Neuroimage Analysis [7.568469725821069]
本稿では,長手画像に基づいて訓練された画像から画像への局所的・多スケールの時間的表現学習手法を提案する。
微調整中、オブジェクト内相関を利用するために驚くほど単純な自己教師付きセグメンテーション整合規則化を提案する。
これらの改善は、長手神経変性成人と発達期脳MRIの両方で示され、より高いパフォーマンスと長手整合性が得られる。
論文 参考訳（メタデータ） (2022-06-09T05:17:00Z) - Learning Motion Flows for Semi-supervised Instrument Segmentation from
Robotic Surgical Video [64.44583693846751]
本研究は,スパースアノテーションを用いたロボット手術ビデオから半教師楽器のセグメンテーションについて検討する。
生成されたデータペアを利用することで、我々のフレームワークはトレーニングシーケンスの時間的一貫性を回復し、強化することができます。
その結果,本手法は最先端の半教師あり手法よりも大きなマージンで優れていることがわかった。
論文 参考訳（メタデータ） (2020-07-06T02:39:32Z) - Neural Cellular Automata Manifold [84.08170531451006]
ニューラルセルラーオートマタのニューラルネットワークアーキテクチャは、より大きなNNにカプセル化可能であることを示す。
これにより、NAAの多様体を符号化する新しいモデルを提案し、それぞれが異なる画像を生成することができる。
生物学的には、我々のアプローチは転写因子の役割を担い、細胞の分化を促進する特定のタンパク質への遺伝子マッピングを調節する。
論文 参考訳（メタデータ） (2020-06-22T11:41:57Z)
関連論文リストは本サイト内にある論文のタイトル・アブストラクトから自動的に作成しています。
指定された論文の情報です。
本サイトの運営者は本サイト（すべての情報・翻訳含む）の品質を保証せず、本サイト（すべての情報・翻訳含む）を使用して発生したあらゆる結果について一切の責任を負いません。