論文の概要: Multi-Layer Pseudo-Supervision for Histopathology Tissue Semantic
Segmentation using Patch-level Classification Labels
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2110.08048v1
- Date: Thu, 14 Oct 2021 08:02:07 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2021-10-19 11:21:09.245148
- Title: Multi-Layer Pseudo-Supervision for Histopathology Tissue Semantic
Segmentation using Patch-level Classification Labels
- Title（参考訳）: パッチレベル分類ラベルを用いた病理組織分節の多層解析
- Authors: Chu Han, Jiatai Lin, Jinhai Mai, Yi Wang, Qingling Zhang, Bingchao
Zhao, Xin Chen, Xipeng Pan, Zhenwei Shi, Xiaowei Xu, Su Yao, Lixu Yan, Huan
Lin, Zeyan Xu, Xiaomei Huang, Guoqiang Han, Changhong Liang, Zaiyi Liu
- Abstract要約: 本稿では,病理組織像の組織的セグメンテーションを実現するために,パッチレベルの分類ラベルのみを用いる。
画素レベルのアノテーションとパッチレベルのアノテーションの間の情報ギャップを減らすために、いくつかの技術革新が提案されている。
提案手法は, 最先端の2つのWSSS手法より優れている。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 26.349051136954195
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: Tissue-level semantic segmentation is a vital step in computational
pathology. Fully-supervised models have already achieved outstanding
performance with dense pixel-level annotations. However, drawing such labels on
the giga-pixel whole slide images is extremely expensive and time-consuming. In
this paper, we use only patch-level classification labels to achieve tissue
semantic segmentation on histopathology images, finally reducing the annotation
efforts. We proposed a two-step model including a classification and a
segmentation phases. In the classification phase, we proposed a CAM-based model
to generate pseudo masks by patch-level labels. In the segmentation phase, we
achieved tissue semantic segmentation by our proposed Multi-Layer
Pseudo-Supervision. Several technical novelties have been proposed to reduce
the information gap between pixel-level and patch-level annotations. As a part
of this paper, we introduced a new weakly-supervised semantic segmentation
(WSSS) dataset for lung adenocarcinoma (LUAD-HistoSeg). We conducted several
experiments to evaluate our proposed model on two datasets. Our proposed model
outperforms two state-of-the-art WSSS approaches. Note that we can achieve
comparable quantitative and qualitative results with the fully-supervised
model, with only around a 2\% gap for MIoU and FwIoU. By comparing with manual
labeling, our model can greatly save the annotation time from hours to minutes.
The source code is available at: \url{https://github.com/ChuHan89/WSSS-Tissue}.
- Abstract（参考訳）: 組織レベルのセマンティクスセグメンテーションは、計算病理学における重要なステップである。
完全教師付きモデルは、高濃度のピクセルレベルのアノテーションで既に優れたパフォーマンスを達成している。
しかし、ギガピクセル全体のスライド画像にそのようなラベルを描くのは非常に高価で時間がかかる。
本稿では,組織病理画像の組織意味的セグメンテーションを実現するために,パッチレベルの分類ラベルのみを用いる。
分類とセグメンテーションフェーズを含む2段階モデルを提案した。
分類段階において,パッチレベルラベルを用いて擬似マスクを生成するCAMモデルを提案した。
セグメンテーション段階では,提案する多層擬似スーパービジョンにより組織意味セグメンテーションを達成した。
画素レベルのアノテーションとパッチレベルのアノテーションの間の情報ギャップを減らすために、いくつかの技術革新が提案されている。
本稿では,肺腺癌 (luad-histoseg) に対するweakly supervised semantic segmentation (wsss) データセットを導入した。
提案モデルを2つのデータセット上で評価するために,いくつかの実験を行った。
提案モデルは2つの最先端WSSSアプローチより優れている。
完全教師付きモデルでは、MIoU と FwIoU の約 2 % の差しか持たない量的および定性的な結果が得られることに注意。
手動ラベリングと比較することにより、アノテーションの時間を数時間から数分に短縮できる。
ソースコードは \url{https://github.com/chuhan89/wsss-tissue} で入手できる。
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