Fugu-MT 論文翻訳(概要): BERN2: an advanced neural biomedical named entity recognition and normalization tool

論文の概要: BERN2: an advanced neural biomedical named entity recognition and normalization tool

arxiv url: http://arxiv.org/abs/2201.02080v2
Date: Mon, 10 Jan 2022 03:30:06 GMT
ステータス: 処理完了
システム内更新日: 2022-01-11 12:42:57.674253
Title: BERN2: an advanced neural biomedical named entity recognition and normalization tool
Title（参考訳）: bern2: エンティティ認識および正規化ツールという,高度な神経バイオメディカル
Authors: Mujeen Sung, Minbyul Jeong, Yonghwa Choi, Donghyeon Kim, Jinhyuk Lee and Jaewoo Kang
Abstract要約: BERN2は、以前のニューラルネットワークベースのNERツールを改善するツールである。当社のツールが,大規模バイオメディカルテキストをより正確に注釈できることを期待している。
参考スコア（独自算出の注目度）: 21.644896894525704
License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
Abstract: In biomedical natural language processing, named entity recognition (NER) and named entity normalization (NEN) are key tasks that enable the automatic extraction of biomedical entities (e.g., diseases and chemicals) from the ever-growing biomedical literature. In this paper, we present BERN2 (Advanced Biomedical Entity Recognition and Normalization), a tool that improves the previous neural network-based NER tool (Kim et al., 2019) by employing a multi-task NER model and neural network-based NEN models to achieve much faster and more accurate inference. We hope that our tool can help annotate large-scale biomedical texts more accurately for various tasks such as biomedical knowledge graph construction.
Abstract（参考訳）: 生物医学の自然言語処理において、名前付き実体認識(NER)と名前付き実体正規化(NEN)は、成長を続ける生物医学の文献から生物医学の実体(疾患や化学物質など)を自動抽出できる重要なタスクである。本稿では,従来のニューラルネットワークベースのNERツール(Kim et al., 2019)を改善するツールであるBERN2(Advanced Biomedical Entity Recognition and Normalization)を提案する。我々は,バイオメディカル知識グラフ構築などの様々なタスクにおいて,大規模バイオメディカルテキストをより正確に注釈できるツールを期待する。

関連論文リスト

Multi-level biomedical NER through multi-granularity embeddings and enhanced labeling [3.8599767910528917]
本稿では,複数のモデルの強みを統合するハイブリッドアプローチを提案する。 BERTは、文脈化された単語の埋め込み、文字レベルの情報キャプチャのための事前訓練されたマルチチャネルCNN、およびテキスト内の単語間の依存関係のシーケンスラベリングとモデル化のためのBiLSTM + CRFを提供する。我々は、ベンチマークi2b2/2010データセットを用いて、F1スコア90.11を達成する。
論文参考訳（メタデータ） (2023-12-24T21:45:36Z)
Diversifying Knowledge Enhancement of Biomedical Language Models using Adapter Modules and Knowledge Graphs [54.223394825528665]
我々は、軽量なアダプターモジュールを用いて、構造化された生体医学的知識を事前訓練された言語モデルに注入するアプローチを開発した。バイオメディカル知識システムUMLSと新しいバイオケミカルOntoChemの2つの大きなKGと、PubMedBERTとBioLinkBERTの2つの著名なバイオメディカルPLMを使用している。計算能力の要件を低く保ちながら,本手法がいくつかの事例において性能改善につながることを示す。
論文参考訳（メタデータ） (2023-12-21T14:26:57Z)
Biomedical Language Models are Robust to Sub-optimal Tokenization [30.175714262031253]
現代のバイオメディカル言語モデル(LM)は、標準的なドメイン固有のトークン化器を用いて事前訓練されている。より正確なバイオメディカルトークン化器を用いたバイオメディカルLMの事前トレーニングでは,言語モデルの実体表現品質が向上しないことがわかった。
論文参考訳（メタデータ） (2023-06-30T13:35:24Z)
BiomedGPT: A Generalist Vision-Language Foundation Model for Diverse Biomedical Tasks [68.39821375903591]
汎用AIは、さまざまなデータ型を解釈する汎用性のために、制限に対処する可能性を秘めている。本稿では,最初のオープンソースかつ軽量な視覚言語基盤モデルであるBiomedGPTを提案する。
論文参考訳（メタデータ） (2023-05-26T17:14:43Z)
AIONER: All-in-one scheme-based biomedical named entity recognition using deep learning [7.427654811697884]
AIONERは最先端のディープラーニングとAIOスキーマに基づく汎用BioNERツールである。 AIONERは効果的で堅牢で、マルチタスク学習のような最先端のアプローチと好適に比較できる。
論文参考訳（メタデータ） (2022-11-30T12:35:00Z)
BioGPT: Generative Pre-trained Transformer for Biomedical Text Generation and Mining [140.61707108174247]
本稿では,大規模生物医学文献に基づいて事前学習したドメイン固有生成型トランスフォーマー言語モデルであるBioGPTを提案する。 BC5CDRでは44.98%、38.42%、40.76%のF1スコア、KD-DTIとDDIの関係抽出タスクでは78.2%、PubMedQAでは78.2%の精度が得られた。
論文参考訳（メタデータ） (2022-10-19T07:17:39Z)
Distantly supervised end-to-end medical entity extraction from electronic health records with human-level quality [77.34726150561087]
本稿では,電子健康記録(EHR)から医療用脳波を単一段階のマルチラベル分類タスクとして行う新しい手法を提案する。我々のモデルは、医療知識ベースから自動的に抽出されたターゲットを用いて、遠距離から教師付きでエンドツーエンドに訓練されている。我々の研究は、十分な量の未ラベルのEHRと医療知識ベースが利用できることを考えると、人間の監督なく、人的品質で、医療機関の抽出をエンドツーエンドで行えることを実証している。
論文参考訳（メタデータ） (2022-01-25T17:04:46Z)
Recognising Biomedical Names: Challenges and Solutions [9.51284672475743]
本稿では,不連続な言及を認識可能な遷移ベースNERモデルを提案する。また、適切な事前学習データを通知する費用対効果のアプローチも開発している。我々の貢献は、特に新しいバイオメディカル・アプリケーションが必要な場合に、明らかな実践的意味を持つ。
論文参考訳（メタデータ） (2021-06-23T08:20:13Z)
BioALBERT: A Simple and Effective Pre-trained Language Model for Biomedical Named Entity Recognition [9.05154470433578]
既存のBioNERアプローチはこれらの問題を無視し、最先端(SOTA)モデルを直接採用することが多い。本稿では,大規模バイオメディカルコーパスを用いた効果的なドメイン固有言語モデルであるALBERTを提案する。
論文参考訳（メタデータ） (2020-09-19T12:58:47Z)
Machine Learning in Nano-Scale Biomedical Engineering [77.75587007080894]
ナノスケールバイオメディカルエンジニアリングにおける機械学習の利用に関する既存の研究について概説する。 ML問題として定式化できる主な課題は、3つの主要なカテゴリに分類される。提示された方法論のそれぞれについて、その原則、応用、制限に特に重点を置いている。
論文参考訳（メタデータ） (2020-08-05T15:45:54Z)
Domain-Specific Language Model Pretraining for Biomedical Natural Language Processing [73.37262264915739]
バイオメディシンなどのラベルなしテキストの少ないドメインでは、スクラッチから言語モデルを事前学習することで、かなりの利益が得られることを示す。実験の結果, ドメイン固有のプレトレーニングは, 幅広い生物医学的NLPタスクの基盤となることが明らかとなった。
論文参考訳（メタデータ） (2020-07-31T00:04:15Z)

関連論文リストは本サイト内にある論文のタイトル・アブストラクトから自動的に作成しています。