論文の概要: Machine Learning Workflow to Explain Black-box Models for Early
Alzheimer's Disease Classification Evaluated for Multiple Datasets
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2205.05907v1
- Date: Thu, 12 May 2022 06:58:11 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2022-05-13 12:27:33.515595
- Title: Machine Learning Workflow to Explain Black-box Models for Early
Alzheimer's Disease Classification Evaluated for Multiple Datasets
- Title（参考訳）: 複数のデータセットを評価する早期アルツハイマー病分類のためのブラックボックスモデル記述のための機械学習ワークフロー
- Authors: Louise Bloch and Christoph M. Friedrich
- Abstract要約: ハード・トゥ・解釈ブラックボックス・機械学習(ML)はアルツハイマー病(AD)の早期発見によく用いられた。
本研究は,Shapley値に基づくワークフローを開発した。
認知テストスコアを用いて訓練されたモデルは、脳モデルよりも有意に優れていた。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 1.725982481793229
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: Purpose: Hard-to-interpret Black-box Machine Learning (ML) were often used
for early Alzheimer's Disease (AD) detection.
Methods: To interpret eXtreme Gradient Boosting (XGBoost), Random Forest
(RF), and Support Vector Machine (SVM) black-box models a workflow based on
Shapley values was developed. All models were trained on the Alzheimer's
Disease Neuroimaging Initiative (ADNI) dataset and evaluated for an independent
ADNI test set, as well as the external Australian Imaging and Lifestyle
flagship study of Ageing (AIBL), and Open Access Series of Imaging Studies
(OASIS) datasets. Shapley values were compared to intuitively interpretable
Decision Trees (DTs), and Logistic Regression (LR), as well as natural and
permutation feature importances. To avoid the reduction of the explanation
validity caused by correlated features, forward selection and aspect
consolidation were implemented.
Results: Some black-box models outperformed DTs and LR. The forward-selected
features correspond to brain areas previously associated with AD. Shapley
values identified biologically plausible associations with moderate to strong
correlations with feature importances. The most important RF features to
predict AD conversion were the volume of the amygdalae, and a cognitive test
score. Good cognitive test performances and large brain volumes decreased the
AD risk. The models trained using cognitive test scores significantly
outperformed brain volumetric models ($p<0.05$). Cognitive Normal (CN) vs. AD
models were successfully transferred to external datasets.
Conclusion: In comparison to previous work, improved performances for ADNI
and AIBL were achieved for CN vs. Mild Cognitive Impairment (MCI)
classification using brain volumes. The Shapley values and the feature
importances showed moderate to strong correlations.
- Abstract（参考訳）: 目的: 早期アルツハイマー病(ad)の検出には,ブラックボックス機械学習(ml)が多用された。
方法:eXtreme Gradient Boosting (XGBoost), Random Forest (RF), Support Vector Machine (SVM)ブラックボックスモデルを解釈するために,Shapley値に基づくワークフローを開発した。
すべてのモデルはアルツハイマー病のニューロイメージングイニシアチブ(adni)データセットで訓練され、独立したadniテストセットとして評価され、オーストラリアの外部イメージングおよびライフスタイルフラッグシップスタディ of ageing(aibl)とopen access series of imaging studies(oasis)データセットで評価された。
シェープの値は直感的に解釈可能な決定木(DT)やロジスティック回帰(LR)、および自然および置換特徴の重要性と比較された。
相関特徴による説明妥当性の低下を回避するため, 前方選択とアスペクト統合を行った。
結果:いくつかのブラックボックスモデルはDTとLRを上回った。
前方選択された特徴は、adと関連した脳領域に対応する。
シャープリー値では, 生物学的に有意な関連が中程度から強い相関関係にあることが明らかとなった。
AD変換を予測するための最も重要なRF特徴は扁桃体の体積と認知テストスコアであった。
優れた認知テスト性能と大きな脳容積は広告リスクを減少させた。
認知テストスコアでトレーニングされたモデルは、脳容積モデルを大幅に上回っている(p<0.05$)。
Cognitive Normal (CN) vs. ADモデルは、外部データセットへの転送に成功しました。
結論: 従来の研究と比較して, 脳量を用いたCN vs. Mild Cognitive Impairment (MCI)分類において, ADNIとAIBLの性能改善が達成された。
Shapley値と特徴的重要性は中程度から強い相関を示した。
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