Fugu-MT 論文翻訳(概要): AVIDA: Alternating method for Visualizing and Integrating Data

論文の概要: AVIDA: Alternating method for Visualizing and Integrating Data

arxiv url: http://arxiv.org/abs/2206.00135v2
Date: Fri, 7 Apr 2023 22:25:07 GMT
ステータス: 処理完了
システム内更新日: 2023-04-11 23:53:17.857373
Title: AVIDA: Alternating method for Visualizing and Integrating Data
Title（参考訳）: AVIDA:データの可視化と統合のための代替方法
Authors: Kathryn Dover, Zixuan Cang, Anna Ma, Qing Nie, and Roman Vershynin
Abstract要約: AVIDAはデータアライメントと次元削減を同時に行うためのフレームワークである。 AVIDAは特徴のない高次元データセットを正しく整列することを示す。一般の応用では、アライメントおよび次元減少加群に他の方法を用いることができる。
参考スコア（独自算出の注目度）: 1.6637373649145604
License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
Abstract: High-dimensional multimodal data arises in many scientific fields. The integration of multimodal data becomes challenging when there is no known correspondence between the samples and the features of different datasets. To tackle this challenge, we introduce AVIDA, a framework for simultaneously performing data alignment and dimension reduction. In the numerical experiments, Gromov-Wasserstein optimal transport and t-distributed stochastic neighbor embedding are used as the alignment and dimension reduction modules respectively. We show that AVIDA correctly aligns high-dimensional datasets without common features with four synthesized datasets and two real multimodal single-cell datasets. Compared to several existing methods, we demonstrate that AVIDA better preserves structures of individual datasets, especially distinct local structures in the joint low-dimensional visualization, while achieving comparable alignment performance. Such a property is important in multimodal single-cell data analysis as some biological processes are uniquely captured by one of the datasets. In general applications, other methods can be used for the alignment and dimension reduction modules.
Abstract（参考訳）: 高次元マルチモーダルデータは、多くの科学分野において生じる。サンプルと異なるデータセットの特徴の間に既知の対応がない場合、マルチモーダルデータの統合は困難になる。この課題に対処するため,データアライメントと次元削減を同時に行うフレームワークであるAVIDAを紹介した。数値実験では、アライメントおよび次元減少モジュールとして、Gromov-Wasserstein 最適輸送とt分散確率的隣接埋め込みを用いる。 AVIDAは4つの合成データセットと2つの実マルチモーダル単一セルデータセットとを共通性のない高次元データセットを正しく整列することを示す。いくつかの既存手法と比較して、AVIDAは個々のデータセットの構造、特に関節の低次元可視化における局所構造をよりよく保存し、同等のアライメント性能を実現する。このような性質は、いくつかの生物学的プロセスがデータセットの1つによって一意にキャプチャされるため、マルチモーダルな単一セルデータ解析において重要である。一般の応用では、アライメントおよび次元減少加群に他の方法を用いることができる。

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