Fugu-MT 論文翻訳(概要): PRIME: Uncovering Circadian Oscillation Patterns and Associations with AD in Untimed Genome-wide Gene Expression across Multiple Brain Regions

論文の概要: PRIME: Uncovering Circadian Oscillation Patterns and Associations with AD in Untimed Genome-wide Gene Expression across Multiple Brain Regions

arxiv url: http://arxiv.org/abs/2208.12811v1
Date: Thu, 25 Aug 2022 21:47:22 GMT
ステータス: 処理完了
システム内更新日: 2022-08-30 13:20:10.291308
Title: PRIME: Uncovering Circadian Oscillation Patterns and Associations with AD in Untimed Genome-wide Gene Expression across Multiple Brain Regions
Title（参考訳）: prime: untimed genome-wide gene expression across multiple brain regionにおける概日リズムのパターンとadとの関連性
Authors: Xinxing Wu and Chong Peng and Gregory Jicha and Donna Wilcock and Qiang Cheng
Abstract要約: 概日リズムの破壊はアルツハイマー病(AD)患者の中心症状である。本研究では,非時間高次元遺伝子発現データにおけるリズム振動パターンの検出と解析を行う,新しい包括的アプローチPRIMEを提案する。以上の結果から,15対の制御領域における同期発振パターンが明らかとなった。
参考スコア（独自算出の注目度）: 26.49476885059271
License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
Abstract: The disruption of circadian rhythm is a cardinal symptom for Alzheimer's disease (AD) patients. The full circadian rhythm orchestration of gene expression in the human brain and its inherent associations with AD remain largely unknown. We present a novel comprehensive approach, PRIME, to detect and analyze rhythmic oscillation patterns in untimed high-dimensional gene expression data across multiple datasets. To demonstrate the utility of PRIME, firstly, we validate it by a time course expression dataset from mouse liver as a cross-species and cross-organ validation. Then, we apply it to study oscillation patterns in untimed genome-wide gene expression from 19 human brain regions of controls and AD patients. Our findings reveal clear, synchronized oscillation patterns in 15 pairs of brain regions of control, while these oscillation patterns either disappear or dim for AD. It is worth noting that PRIME discovers the circadian rhythmic patterns without requiring the sample's timestamps. The codes for PRIME, along with codes to reproduce the figures in this paper, are available at https://github.com/xinxingwu-uk/PRIME.
Abstract（参考訳）: 概日リズムの破壊はアルツハイマー病(AD)患者の中心症状である。ヒト脳における遺伝子発現の概日リズムの完全な調整と、ADと固有の関連性はほとんど不明である。本稿では,複数のデータセットにまたがる非時間高次元遺伝子発現データにおいて,リズム振動パターンを検出し解析するための包括的アプローチPRIMEを提案する。 PRIMEの実用性を実証するため,まず,マウス肝臓の時系列表現データセットを用いて,種間および組織間検証を行った。そこで本研究は,ヒト脳制御領域19領域およびAD患者の不時性ゲノムワイド遺伝子発現における発振パターンの研究に応用した。以上の結果から,15対の脳制御領域における同期発振パターンは明らかであり,これらの発振パターンはADでは消失または消失した。 PRIMEはサンプルのタイムスタンプを必要とせずに概日リズムパターンを発見することに注意する必要がある。 PRIMEのコードは、この論文の数字を再現するコードとともに、https://github.com/xinxingwu-uk/PRIMEで入手できる。

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