Fugu-MT 論文翻訳(概要): Tailoring Molecules for Protein Pockets: a Transformer-based Generative Solution for Structured-based Drug Design

論文の概要: Tailoring Molecules for Protein Pockets: a Transformer-based Generative Solution for Structured-based Drug Design

arxiv url: http://arxiv.org/abs/2209.06158v1
Date: Tue, 30 Aug 2022 09:32:39 GMT
ステータス: 処理完了
システム内更新日: 2022-09-18 16:52:52.697991
Title: Tailoring Molecules for Protein Pockets: a Transformer-based Generative Solution for Structured-based Drug Design
Title（参考訳）: タンパク質ポケットの配位分子:構造化医薬品設計のためのトランスフォーマーベース生成ソリューション
Authors: Kehan Wu, Yingce Xia, Yang Fan, Pan Deng, Haiguang Liu, Lijun Wu, Shufang Xie, Tong Wang, Tao Qin and Tie-Yan Liu
Abstract要約: 標的タンパク質の構造に基づくデノボ薬物の設計は、新規な薬物候補を提供することができる。そこで本研究では,特定のターゲットに対して,対象薬物をスクラッチから直接生成できるTamGentという生成ソリューションを提案する。
参考スコア（独自算出の注目度）: 133.1268990638971
License: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
Abstract: Structure-based drug design is drawing growing attentions in computer-aided drug discovery. Compared with the virtual screening approach where a pre-defined library of compounds are computationally screened, de novo drug design based on the structure of a target protein can provide novel drug candidates. In this paper, we present a generative solution named TamGent (Target-aware molecule generator with Transformer) that can directly generate candidate drugs from scratch for a given target, overcoming the limits imposed by existing compound libraries. Following the Transformer framework (a state-of-the-art framework in deep learning), we design a variant of Transformer encoder to process 3D geometric information of targets and pre-train the Transformer decoder on 10 million compounds from PubChem for candidate drug generation. Systematical evaluation on candidate compounds generated for targets from DrugBank shows that both binding affinity and drugability are largely improved. TamGent outperforms previous baselines in terms of both effectiveness and efficiency. The method is further verified by generating candidate compounds for the SARS-CoV-2 main protease and the oncogenic mutant KRAS G12C. The results show that our method not only re-discovers previously verified drug molecules , but also generates novel molecules with better docking scores, expanding the compound pool and potentially leading to the discovery of novel drugs.
Abstract（参考訳）: 構造に基づく薬物設計は、コンピュータによる創薬において注目を集めている。予め定義された化合物のライブラリーを計算的にスクリーニングする仮想スクリーニングアプローチと比較して、ターゲットタンパク質の構造に基づくデ・ノボの薬物設計は、新しい薬物候補を提供することができる。本稿では,TamGent (Target-aware molecule generator with Transformer) という生成ソリューションを提案する。 Transformerフレームワーク(ディープラーニングの最先端フレームワーク)に続き、Transformerエンコーダの変種を設計し、ターゲットの幾何学的情報を3Dで処理し、PubChemから1000万の化合物にトランスフォーマーデコーダを事前訓練する。薬物バンクから標的に生成する候補化合物の体系的な評価は、結合親和性と薬物耐性が共に大きく改善されていることを示している。 TamGentは、有効性と効率の両面で、以前のベースラインを上回っている。この方法は、SARS-CoV-2主プロテアーゼおよび癌原性変異KRAS G12Cの候補化合物を生成することによってさらに検証される。以上の結果から, 従来確認されていた薬剤分子を再発見するだけでなく, ドッキングスコアの高い新規分子を産生し, 化合物プールを拡大し, 新規薬物の発見に繋がる可能性が示唆された。

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