論文の概要: Protein Sequence and Structure Co-Design with Equivariant Translation

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2210.08761v1
• Date: Mon, 17 Oct 2022 06:00:12 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2022-10-18 21:51:58.803241
• Title: Protein Sequence and Structure Co-Design with Equivariant Translation
• Title（参考訳）: 等価翻訳を伴うタンパク質の配列と構造共設計
• Authors: Chence Shi, Chuanrui Wang, Jiarui Lu, Bozitao Zhong, Jian Tang
• Abstract要約: 既存のアプローチは自己回帰モデルまたは拡散モデルを用いてタンパク質配列と構造の両方を生成する。 本稿では,タンパク質配列と構造共設計が可能な新しいアプローチを提案する。 我々のモデルは、幾何学的制約と文脈特徴からの相互作用を推論する三角法を意識したエンコーダで構成されている。 全てのタンパク質アミノ酸は翻訳工程で1ショットずつ更新され、推論プロセスが大幅に加速される。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 19.816174223173494
• License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
• Abstract: Proteins are macromolecules that perform essential functions in all living organisms. Designing novel proteins with specific structures and desired functions has been a long-standing challenge in the field of bioengineering. Existing approaches generate both protein sequence and structure using either autoregressive models or diffusion models, both of which suffer from high inference costs. In this paper, we propose a new approach capable of protein sequence and structure co-design, which iteratively translates both protein sequence and structure into the desired state from random initialization, based on context features given a priori. Our model consists of a trigonometry-aware encoder that reasons geometrical constraints and interactions from context features, and a roto-translation equivariant decoder that translates protein sequence and structure interdependently. Notably, all protein amino acids are updated in one shot in each translation step, which significantly accelerates the inference process. Experimental results across multiple tasks show that our model outperforms previous state-of-the-art baselines by a large margin, and is able to design proteins of high fidelity as regards both sequence and structure, with running time orders of magnitude less than sampling-based methods.
• Abstract（参考訳）: タンパク質はすべての生物に必須の機能を持つ高分子である。 特定の構造と所望の機能を持つ新規タンパク質の設計は、バイオエンジニアリングの分野で長年の課題であった。 既存のアプローチは、自己回帰モデルまたは拡散モデルを用いて、タンパク質配列と構造の両方を生成する。 本稿では,タンパク質配列と構造をランダム初期化から所望の状態へと反復的に翻訳する,タンパク質配列と構造共設計が可能な新しい手法を提案する。 我々のモデルは、幾何学的制約と文脈特徴からの相互作用を推論する三角法対応エンコーダと、タンパク質配列と構造を相互に翻訳するロト翻訳同変デコーダからなる。 特に、すべてのタンパク質アミノ酸は翻訳ステップごとに1ショットで更新され、推論プロセスが大幅に加速される。 複数のタスクにまたがる実験結果から,我々のモデルは従来の最先端のベースラインを大きなマージンで上回り,配列と構造の両方について高い忠実度を持つタンパク質を設計できることがわかった。

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