論文の概要: GPS++: Reviving the Art of Message Passing for Molecular Property
Prediction
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2302.02947v1
- Date: Mon, 6 Feb 2023 17:30:22 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2023-02-07 15:42:14.916449
- Title: GPS++: Reviving the Art of Message Passing for Molecular Property
Prediction
- Title(参考訳): GPS++:分子特性予測のためのメッセージパッシングの復活
- Authors: Dominic Masters, Josef Dean, Kerstin Klaser, Zhiyi Li, Sam
Maddrell-Mander, Adam Sanders, Hatem Helal, Deniz Beker, Andrew Fitzgibbon,
Shenyang Huang, Ladislav Ramp\'a\v{s}ek, Dominique Beaini
- Abstract要約: 分子特性予測のためのハイブリッドメッセージパッシングニューラルネットワーク/グラフトランスフォーマモデルであるGPS++を提案する。
我々のモデルは、高度に調整された局所メッセージパッシングコンポーネントを統合し、大規模分子データセットPCQM4Mv2の最先端結果を達成するために、過去の文献から得られた他の重要なアイデアに世界的関心を偏らせている。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 2.4476539922912632
- License: http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/
- Abstract: We present GPS++, a hybrid Message Passing Neural Network / Graph Transformer
model for molecular property prediction. Our model integrates a well-tuned
local message passing component and biased global attention with other key
ideas from prior literature to achieve state-of-the-art results on large-scale
molecular dataset PCQM4Mv2. Through a thorough ablation study we highlight the
impact of individual components and, contrary to expectations set by recent
trends, find that nearly all of the model's performance can be maintained
without any use of global self-attention. We also show that our approach is
significantly more accurate than prior art when 3D positional information is
not available.
- Abstract(参考訳): 分子特性予測のためのハイブリッドメッセージパッシングニューラルネットワーク/グラフトランスモデルであるGPS++を提案する。
本モデルでは,よく調整された局所的メッセージパッシング成分と,先行文献から得られた他の重要な概念を偏り,大規模分子データセットpcqm4mv2で最新の結果を得る。
徹底的なアブレーション研究を通じて、個々のコンポーネントが与える影響を強調し、最近のトレンドの期待に反して、モデルのパフォーマンスのほぼすべては、グローバルな自己認識を使わずに維持可能であることを見出します。
また, 3次元位置情報が得られない場合, 先行技術よりも精度が高いことを示す。
関連論文リスト
- Graph Residual based Method for Molecular Property Prediction [0.7499722271664147]
この写本は、GRUベースの新しい方法論であるECRGNNの詳細な記述を強調し、使用済みの入力をマッピングする。
変分オートエンコーダ(VAE)の詳細な記述と,マルチクラスマルチラベル特性予測に用いるエンドツーエンド学習法も提案した。
論文 参考訳(メタデータ) (2024-07-27T09:01:36Z) - On the importance of catalyst-adsorbate 3D interactions for relaxed
energy predictions [98.70797778496366]
吸着剤の相対的な位置を無視しながら,OC20データセットの緩和エネルギーを予測できるかどうかを検討する。
結合サイト情報の削除は,期待通りに精度を低下させるが,修正モデルは極めて良好なMAEで緩和エネルギーを予測することができる。
論文 参考訳(メタデータ) (2023-10-10T14:57:04Z) - Geometry-aware Line Graph Transformer Pre-training for Molecular
Property Prediction [4.598522704308923]
Geometry-Aware line graph transformer (Galformer) は、新しい自己教師型学習フレームワークである。
Galformerは、分類タスクと回帰タスクの両方において、すべてのベースラインを一貫して上回る。
論文 参考訳(メタデータ) (2023-09-01T14:20:48Z) - Dynamic Molecular Graph-based Implementation for Biophysical Properties
Prediction [9.112532782451233]
本稿では,タンパク質-リガンド相互作用の動的特徴を特徴付けるため,GNNを用いたトランスフォーマーモデルに基づく新しいアプローチを提案する。
我々のメッセージパッシングトランスフォーマーは、物理シミュレーションに基づく分子動力学データに基づいて事前訓練を行い、座標構成を学習し、結合確率と親和性予測を行う。
論文 参考訳(メタデータ) (2022-12-20T04:21:19Z) - Transforming Model Prediction for Tracking [109.08417327309937]
トランスフォーマーは、誘導バイアスの少ないグローバルな関係を捉え、より強力なターゲットモデルの予測を学ぶことができる。
提案したトラッカーをエンドツーエンドにトレーニングし、複数のトラッカーデータセットに関する総合的な実験を行うことで、その性能を検証する。
我々のトラッカーは3つのベンチマークで新しい技術状態を設定し、挑戦的なLaSOTデータセットで68.5%のAUCを達成した。
論文 参考訳(メタデータ) (2022-03-21T17:59:40Z) - 3D Infomax improves GNNs for Molecular Property Prediction [1.9703625025720701]
本稿では,2次元分子グラフのみに与えられる分子の幾何学をモデル化するための事前学習モデルを提案する。
我々は,3次元事前学習が幅広い特性に対して大きな改善をもたらすことを示す。
論文 参考訳(メタデータ) (2021-10-08T13:30:49Z) - Learning Attributed Graph Representations with Communicative Message
Passing Transformer [3.812358821429274]
分子グラフ表現を改善するために,コミュニケーティブメッセージパッシングトランス (CoMPT) ニューラルネットワークを提案する。
分子を完全連結グラフとして扱う従来のトランスフォーマースタイルのGNNとは異なり、グラフ接続帰納バイアスを利用するメッセージ拡散機構を導入する。
論文 参考訳(メタデータ) (2021-07-19T11:58:32Z) - GeoMol: Torsional Geometric Generation of Molecular 3D Conformer
Ensembles [60.12186997181117]
分子グラフからの分子の3Dコンホメーラーアンサンブルの予測は、化学情報学と薬物発見の領域において重要な役割を担っている。
既存の生成モデルは、重要な分子幾何学的要素のモデリングの欠如を含むいくつかの欠点がある。
エンド・ツー・エンド、非自己回帰、SE(3)不変の機械学習手法であるGeoMolを提案し、3Dコンバータを生成する。
論文 参考訳(メタデータ) (2021-06-08T14:17:59Z) - TRiPOD: Human Trajectory and Pose Dynamics Forecasting in the Wild [77.59069361196404]
TRiPODは、グラフの注目ネットワークに基づいて身体のダイナミクスを予測する新しい方法です。
実世界の課題を取り入れるために,各フレームで推定された身体関節が可視・視認可能かどうかを示す指標を学習する。
評価の結果,TRiPODは,各軌道に特化して設計され,予測タスクに特化している。
論文 参考訳(メタデータ) (2021-04-08T20:01:00Z) - Self-Supervised Graph Transformer on Large-Scale Molecular Data [73.3448373618865]
分子表現学習のための新しいフレームワークGROVERを提案する。
GROVERは、分子の豊富な構造的および意味的な情報を、巨大な未標識分子データから学習することができる。
分子表現学習において、最大のGNNであり、最大のトレーニングデータセットである、1000万個の未標識分子に1億のパラメータを持つGROVERを事前訓練します。
論文 参考訳(メタデータ) (2020-06-18T08:37:04Z) - Multi-View Graph Neural Networks for Molecular Property Prediction [67.54644592806876]
マルチビューグラフニューラルネットワーク(MV-GNN)を提案する。
MV-GNNでは,学習過程を安定させるために,自己注意型読み出しコンポーネントと不一致損失を導入する。
我々は、相互依存型メッセージパッシング方式を提案することにより、MV-GNNの表現力をさらに強化する。
論文 参考訳(メタデータ) (2020-05-17T04:46:07Z)
関連論文リストは本サイト内にある論文のタイトル・アブストラクトから自動的に作成しています。
指定された論文の情報です。
本サイトの運営者は本サイト(すべての情報・翻訳含む)の品質を保証せず、本サイト(すべての情報・翻訳含む)を使用して発生したあらゆる結果について一切の責任を負いません。