論文の概要: ProtiGeno: a prokaryotic short gene finder using protein language models

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2307.10343v1
• Date: Wed, 19 Jul 2023 16:46:42 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2023-07-21 16:09:16.154010
• Title: ProtiGeno: a prokaryotic short gene finder using protein language models
• Title（参考訳）: ProtiGeno : タンパク質言語モデルを用いたプロカリアティックショート遺伝子ファインダー
• Authors: Tony Tu, Gautham Krishna, Amirali Aghazadeh
• Abstract要約: 現在の遺伝子発見者は長い遺伝子を見つけることに非常に敏感であるが、その感度は短い遺伝子を見つける際に顕著に低下する。 我々はProtiGenoと呼ばれる深層学習に基づく手法を開発し、特に短いプロカリアティック遺伝子を標的とした。 4,288個のプロカリーゼゲノムの系統的大規模実験において、ProtiGenoは、現在の最先端遺伝子ファインダーよりも高精度で短いコードと非コード遺伝子を予測できることを実証した。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 1.2354076490479513
• License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
• Abstract: Prokaryotic gene prediction plays an important role in understanding the biology of organisms and their function with applications in medicine and biotechnology. Although the current gene finders are highly sensitive in finding long genes, their sensitivity decreases noticeably in finding shorter genes (<180 nts). The culprit is insufficient annotated gene data to identify distinguishing features in short open reading frames (ORFs). We develop a deep learning-based method called ProtiGeno, specifically targeting short prokaryotic genes using a protein language model trained on millions of evolved proteins. In systematic large-scale experiments on 4,288 prokaryotic genomes, we demonstrate that ProtiGeno predicts short coding and noncoding genes with higher accuracy and recall than the current state-of-the-art gene finders. We discuss the predictive features of ProtiGeno and possible limitations by visualizing the three-dimensional structure of the predicted short genes. Data, codes, and models are available at https://github.com/tonytu16/protigeno.
• Abstract（参考訳）: プロカリオティック遺伝子予測は、生物の生物学とその機能を理解する上で重要な役割を担っている。 現在の遺伝子発見者は長い遺伝子の発見に非常に敏感であるが、その感度は短い遺伝子の発見において顕著に低下する(180 nts)。 犯人は、短いオープンリーディングフレーム(ORF)の識別特徴を特定するために、アノテーション付き遺伝子データが不十分である。 我々はProtiGenoと呼ばれる深層学習に基づく手法を開発し、何百万もの進化したタンパク質で訓練されたタンパク質言語モデルを用いて、短いプロカリアティック遺伝子を特にターゲットとした。 4,288個のプロカリーゼゲノムの系統的大規模実験において、ProtiGenoは、現在の最先端遺伝子ファインダーよりも高精度で短いコーディングおよび非コーディング遺伝子を予測する。 予測された短い遺伝子の3次元構造を可視化することにより,プロティゲノの予測的特徴と限界について考察する。 データ、コード、モデルはhttps://github.com/tonytu16/protigenoで入手できる。

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