論文の概要: AbDiffuser: Full-Atom Generation of in vitro Functioning Antibodies
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2308.05027v2
- Date: Wed, 6 Mar 2024 17:15:51 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2024-03-07 18:15:03.747794
- Title: AbDiffuser: Full-Atom Generation of in vitro Functioning Antibodies
- Title（参考訳）: AbDiffuser:in vitroで機能する抗体の全原子生成
- Authors: Karolis Martinkus, Jan Ludwiczak, Kyunghyun Cho, Wei-Ching Liang,
Julien Lafrance-Vanasse, Isidro Hotzel, Arvind Rajpal, Yan Wu, Richard
Bonneau, Vladimir Gligorijevic, Andreas Loukas
- Abstract要約: AbDiffuserは、抗体3D構造と配列の同変および物理インフォームド拡散モデルである。
我々のアプローチは、ドメイン知識と物理に基づく制約を生かして、タンパク質の拡散を改善する。
数値実験では、AbDiffuserが参照集合の配列と構造を綿密に追跡する抗体を生成する能力を示している。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 44.149969082612486
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: We introduce AbDiffuser, an equivariant and physics-informed diffusion model
for the joint generation of antibody 3D structures and sequences. AbDiffuser is
built on top of a new representation of protein structure, relies on a novel
architecture for aligned proteins, and utilizes strong diffusion priors to
improve the denoising process. Our approach improves protein diffusion by
taking advantage of domain knowledge and physics-based constraints; handles
sequence-length changes; and reduces memory complexity by an order of
magnitude, enabling backbone and side chain generation. We validate AbDiffuser
in silico and in vitro. Numerical experiments showcase the ability of
AbDiffuser to generate antibodies that closely track the sequence and
structural properties of a reference set. Laboratory experiments confirm that
all 16 HER2 antibodies discovered were expressed at high levels and that 57.1%
of the selected designs were tight binders.
- Abstract（参考訳）: 抗体3d構造と配列の同時生成のための同変・物理不定拡散モデルabdiffuserを提案する。
abdiffuserは、タンパク質構造の新しい表現の上に構築され、アライメントされたタンパク質の新しいアーキテクチャに依存し、強い拡散優先を利用して、変性プロセスを改善する。
提案手法は、ドメイン知識と物理に基づく制約を利用してタンパク質の拡散を改善し、配列長の変化を処理し、メモリの複雑さを桁違いに減らし、バックボーンとサイドチェーンの生成を可能にする。
シリカおよびin vitroでAbDiffuserを検証する。
数値実験では、abdiffuserが参照集合の配列と構造特性を密接に追跡する抗体を生成する能力を示す。
実験では16種のHER2抗体が高レベルに発現され、57.1%がタイトバインダーであることが確認された。
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