論文の概要: CircleFormer: Circular Nuclei Detection in Whole Slide Images with
Circle Queries and Attention
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2308.16145v2
- Date: Thu, 31 Aug 2023 01:29:35 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2023-09-01 11:24:14.956074
- Title: CircleFormer: Circular Nuclei Detection in Whole Slide Images with
Circle Queries and Attention
- Title(参考訳): CircleFormer:丸いクエリと注意を伴う全スライド画像における円核検出
- Authors: Hengxu Zhang, Pengpeng Liang, Zhiyong Sun, Bo Song, Erkang Cheng
- Abstract要約: 動的アンカー円を用いたトランスフォーマーを用いた円形医療物体検出システムであるCircleFormerを提案する。
一般向けMoNuSegデータセットを用いた円形核検出とセグメンテーションにおける本手法の評価を行った。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 13.947162082687417
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: Both CNN-based and Transformer-based object detection with bounding box
representation have been extensively studied in computer vision and medical
image analysis, but circular object detection in medical images is still
underexplored. Inspired by the recent anchor free CNN-based circular object
detection method (CircleNet) for ball-shape glomeruli detection in renal
pathology, in this paper, we present CircleFormer, a Transformer-based circular
medical object detection with dynamic anchor circles. Specifically, queries
with circle representation in Transformer decoder iteratively refine the
circular object detection results, and a circle cross attention module is
introduced to compute the similarity between circular queries and image
features. A generalized circle IoU (gCIoU) is proposed to serve as a new
regression loss of circular object detection as well. Moreover, our approach is
easy to generalize to the segmentation task by adding a simple segmentation
branch to CircleFormer. We evaluate our method in circular nuclei detection and
segmentation on the public MoNuSeg dataset, and the experimental results show
that our method achieves promising performance compared with the
state-of-the-art approaches. The effectiveness of each component is validated
via ablation studies as well. Our code is released at
https://github.com/zhanghx-iim-ahu/CircleFormer.
- Abstract(参考訳): コンピュータビジョンと医用画像解析において, CNN と Transformer による境界ボックス表現による物体検出が広く研究されているが, 医用画像の円形物体検出はいまだに未調査である。
本稿では,腎病理学における球状糸球体検出のための最近のアンカーフリー cnn-based circular object detection (circlenet) 法に触発されたcircleformerについて紹介する。
具体的には、変圧器デコーダ内の円表現を用いたクエリを反復的に円形物体検出結果を洗練し、円クロスアテンションモジュールを導入し、円クエリと画像特徴の類似度を算出する。
一般化円 IoU (gCIoU) は、新たに円形物体検出の回帰損失を生じさせるものとして提案されている。
さらに,circleformerに単純なセグメンテーションブランチを追加することで,セグメンテーションタスクへの一般化が容易になる。
本手法は,公開monusegデータセット上での円核検出とセグメンテーションにおける評価を行い,最新手法と比較して有望な性能が得られることを示す。
それぞれの成分の有効性はアブレーション研究によって検証される。
私たちのコードはhttps://github.com/zhanghx-iim-ahu/CircleFormerで公開されています。
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