論文の概要: Fetal-BET: Brain Extraction Tool for Fetal MRI
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2310.01523v2
- Date: Mon, 13 Nov 2023 20:24:07 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2023-11-15 18:13:41.160394
- Title: Fetal-BET: Brain Extraction Tool for Fetal MRI
- Title(参考訳): Fetal-BET:胎児MRIのための脳抽出ツール
- Authors: Razieh Faghihpirayesh, Davood Karimi, Deniz Erdo\u{g}mu\c{s}, Ali
Gholipour
- Abstract要約: 約72,000個の胎児脳MRI画像の注釈付きデータセットを構築した。
このデータセットを用いて、U-Netスタイルアーキテクチャのパワーを利用してディープラーニング手法を開発し、検証した。
本手法では,マルチコントラスト(マルチシーケンス)胎児MRIデータからの豊富な情報を活用し,胎児の脳構造を正確に把握する。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 4.214523989654048
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: Fetal brain extraction is a necessary first step in most computational fetal
brain MRI pipelines. However, it has been a very challenging task due to
non-standard fetal head pose, fetal movements during examination, and vastly
heterogeneous appearance of the developing fetal brain and the neighboring
fetal and maternal anatomy across various sequences and scanning conditions.
Development of a machine learning method to effectively address this task
requires a large and rich labeled dataset that has not been previously
available. As a result, there is currently no method for accurate fetal brain
extraction on various fetal MRI sequences. In this work, we first built a large
annotated dataset of approximately 72,000 2D fetal brain MRI images. Our
dataset covers the three common MRI sequences including T2-weighted,
diffusion-weighted, and functional MRI acquired with different scanners.
Moreover, it includes normal and pathological brains. Using this dataset, we
developed and validated deep learning methods, by exploiting the power of the
U-Net style architectures, the attention mechanism, multi-contrast feature
learning, and data augmentation for fast, accurate, and generalizable automatic
fetal brain extraction. Our approach leverages the rich information from
multi-contrast (multi-sequence) fetal MRI data, enabling precise delineation of
the fetal brain structures. Evaluations on independent test data show that our
method achieves accurate brain extraction on heterogeneous test data acquired
with different scanners, on pathological brains, and at various gestational
stages. This robustness underscores the potential utility of our deep learning
model for fetal brain imaging and image analysis.
- Abstract(参考訳): 胎児脳抽出は、ほとんどの計算胎児脳MRIパイプラインにおいて必要な第一歩である。
しかし、標準的な胎児の頭部ポーズ、検査中の胎児の動き、発達する胎児の脳と近隣の胎児および母体解剖の様々な配列とスキャン条件の異種な出現など、非常に困難な課題であった。
このタスクに効果的に対処する機械学習手法の開発には、これまで利用できなかった大規模で豊富なラベル付きデータセットが必要である。
結果として、様々な胎児MRIで正確な胎児脳の抽出方法が現在存在しない。
本研究ではまず,約72,000個の胎児脳MRI画像の注釈付きデータセットを構築した。
本データセットでは,T2強調,拡散強調,機能MRIの3つのMRIシーケンスを異なるスキャナーで取得した。
また、正常脳と病理脳も含む。
このデータセットを用いて,U-Netスタイルアーキテクチャ,アテンション機構,マルチコントラスト特徴学習,高速で正確で一般化可能な自動胎児脳抽出のためのデータ拡張などを活用した深層学習手法の開発と検証を行った。
本手法では,マルチコントラスト(マルチシーケンス)胎児MRIデータからの豊富な情報を活用し,胎児の脳構造を正確に把握する。
独立試験データを用いた評価では, 異なるスキャナー, 病的脳, および様々な妊娠段階において, 異種検査データから正確な脳抽出が達成されている。
この堅牢性は、胎児脳のイメージングと画像解析におけるディープラーニングモデルの有用性を裏付けるものです。
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