論文の概要: PeTailor: Improving Large Language Model by Tailored Chunk Scorer in
Biomedical Triple Extraction
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2310.18463v3
- Date: Tue, 13 Feb 2024 13:57:27 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2024-02-14 12:12:53.309785
- Title: PeTailor: Improving Large Language Model by Tailored Chunk Scorer in
Biomedical Triple Extraction
- Title(参考訳): Pe Tailor: バイオメディカルトリプル抽出におけるTempored Chunk Scorerによる大規模言語モデルの改善
- Authors: Mingchen Li, M. Chen, Huixue Zhou, Halil Kilicoglu, Rui Zhang
- Abstract要約: バイオメディカルトリプル抽出のための新しい検索フレームワークPeTailorを提案する。
提案手法は,GM-CIHTと2つの標準バイオメディカルトリプル抽出データセットの最先端性能を実現する。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 12.03282304393055
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: Biomedical triple extraction systems aim to automatically extract biomedical
entities and relations between entities. While current unified information
extraction models showcase state-of-the-art performance, they face challenges
in understanding relationships between entities within intricate biomedical
sentences. Furthermore, the absence of a high-quality biomedical triple
extraction dataset impedes the progress in developing robust triple extraction
systems. To tackle these challenges, we propose a novel retrieval-based
framework for biomedical triple extraction, namely PeTailor, which explicitly
retrieves the relevant document from our pre-built diverse chunk database using
a novel tailored chunk scorer and integrates the retrieved information into the
input of a Large Language Model (LLM) to generate the corresponding triple
(head entity, relation, tail entity) for the input sentence. Additionally, we
present GM-CIHT, an expert-annotated biomedical triple extraction dataset that
covers a wider range of relation types. Experimental results show that our
proposed PeTailor method achieves state-of-the-art performance on GM-CIHT and
two standard biomedical triple extraction datasets
- Abstract(参考訳): バイオメディカルトリプル抽出システムは、自動的にバイオメディカルエンティティとエンティティ間の関係を抽出することを目的としている。
現在の統合情報抽出モデルは最先端のパフォーマンスを示すが、複雑なバイオメディカル文内のエンティティ間の関係を理解することの難しさに直面する。
さらに,高品質なバイオメディカルトリプル抽出データセットの欠如は,ロバストトリプル抽出システムの開発の進展を妨げている。
そこで本研究では,本研究で構築した多種多様なチャンクデータベースから,その関連文書を明示的に検索し,検索情報を大規模言語モデル(llm)の入力に統合し,対応する三重項(ヘッドエンティティ,リレーション,テールエンティティ)を生成する,生物医学的三重項抽出のための新しい検索ベースフレームワーク,petailorを提案する。
さらに, GM-CIHTは, より広範な関係型をカバーする, 専門家によるバイオメディカルトリプル抽出データセットである。
実験結果から,提案手法はGM-CIHTと2種類の標準バイオメディカルトリプル抽出データセットの最先端性能を実現することが示された。
関連論文リスト
- Biomedical Entity Linking as Multiple Choice Question Answering [53.24726622142558]
本稿では,バイオメディカルエンティティリンクを複数問合せ回答として扱う新モデルであるBioELQAを提案する。
まず、高速検索器を用いて候補エンティティを取得し、生成器に参照と候補エンティティを共同で提示し、選択したエンティティに関連付けられた予測シンボルを出力する。
長い尾を持つエンティティの一般化を改善するため、類似したラベル付きトレーニングインスタンスを手がかりとして検索し、ジェネレータの検索インスタンスで入力する。
論文 参考訳(メタデータ) (2024-02-23T08:40:38Z) - EMBRE: Entity-aware Masking for Biomedical Relation Extraction [12.821610050561256]
本稿では,関係抽出のためのEMBRE (Entity-Aware Masking for Biomedical Relation extract) 法を提案する。
具体的には、バックボーンモデルとエンティティマスキングの目的を事前学習することにより、エンティティ知識をディープニューラルネットワークに統合する。
論文 参考訳(メタデータ) (2024-01-15T18:12:01Z) - Diversifying Knowledge Enhancement of Biomedical Language Models using
Adapter Modules and Knowledge Graphs [54.223394825528665]
我々は、軽量なアダプターモジュールを用いて、構造化された生体医学的知識を事前訓練された言語モデルに注入するアプローチを開発した。
バイオメディカル知識システムUMLSと新しいバイオケミカルOntoChemの2つの大きなKGと、PubMedBERTとBioLinkBERTの2つの著名なバイオメディカルPLMを使用している。
計算能力の要件を低く保ちながら,本手法がいくつかの事例において性能改善につながることを示す。
論文 参考訳(メタデータ) (2023-12-21T14:26:57Z) - High-throughput Biomedical Relation Extraction for Semi-Structured Web
Articles Empowered by Large Language Models [2.323261444126253]
関係抽出タスクをChatGPTのような大規模言語モデルの単純なバイナリ分類問題として定式化する。
本手法は,主タイトルをテールエンティティとして指定した半構造化ウェブ記事に適合する。
長さのコンテンツはテキストチャンクにスライスされ、埋め込みされ、追加の埋め込みモデルで検索される。
論文 参考訳(メタデータ) (2023-12-13T16:43:41Z) - PathLDM: Text conditioned Latent Diffusion Model for Histopathology [62.970593674481414]
そこで我々は,高品質な病理像を生成するためのテキスト条件付き遅延拡散モデルPathLDMを紹介した。
提案手法は画像とテキストデータを融合して生成プロセスを強化する。
我々は,TCGA-BRCAデータセット上でのテキスト・ツー・イメージ生成において,SoTA FIDスコア7.64を達成し,FID30.1と最も近いテキスト・コンディショナブル・コンペティタを著しく上回った。
論文 参考訳(メタデータ) (2023-09-01T22:08:32Z) - BioREx: Improving Biomedical Relation Extraction by Leveraging
Heterogeneous Datasets [7.7587371896752595]
生物医学的関係抽出(RE)は、生物医学的自然言語処理(NLP)研究における中心的な課題である。
本稿では、個々のデータセットのデータの均一性を体系的に解決し、それらを大きなデータセットに組み合わせるための新しいフレームワークを提案する。
評価の結果,BioRExは個々のデータセットでトレーニングしたベンチマークシステムよりも大幅に高い性能を示すことがわかった。
論文 参考訳(メタデータ) (2023-06-19T22:48:18Z) - BioIE: Biomedical Information Extraction with Multi-head Attention
Enhanced Graph Convolutional Network [9.227487525657901]
本稿では,バイオメディカルテキストと非構造化医療報告から関係を抽出するハイブリッドニューラルネットワークであるバイオメディカル情報抽出を提案する。
本研究は,2つの主要な生医学的関係抽出タスク,化学物質とタンパク質の相互作用,およびクロスホスピタル・パン・カンノロジー報告コーパスについて検討した。
論文 参考訳(メタデータ) (2021-10-26T13:19:28Z) - Abstractified Multi-instance Learning (AMIL) for Biomedical Relation
Extraction [0.7695660509846215]
本稿では,生物医学領域における関係抽出のためのMIL (Multi-instance Learning) の改訂を提案する。
エンティティをタイプ別にグループ化することで、MILの利点を活かし、トレーニングシグナルをさらに軽視することが可能になる。
本稿では, 生物医学的関係抽出における性能の向上を図り, 抽象的マルチインスタンス学習(AMIL)と呼ぶこの改革について述べる。
論文 参考訳(メタデータ) (2021-10-24T17:49:20Z) - Discovering Drug-Target Interaction Knowledge from Biomedical Literature [107.98712673387031]
人体における薬物と標的(DTI)の相互作用は、生物医学や応用において重要な役割を担っている。
毎年何百万もの論文がバイオメディカル分野で出回っているので、文学からDTIの知識を自動的に発見することは、業界にとって急激な需要となっている。
生成的アプローチを用いて,この課題に対する最初のエンドツーエンドソリューションについて検討する。
我々はDTI三重項をシーケンスとみなし、Transformerベースのモデルを使ってエンティティや関係の詳細なアノテーションを使わずに直接生成する。
論文 参考訳(メタデータ) (2021-09-27T17:00:14Z) - Contrastive Triple Extraction with Generative Transformer [72.21467482853232]
生成変換器を用いた新しい3重抽出モデルを提案する。
具体的には,エンコーダデコーダをベースとした1つの共有トランスフォーマモジュールを提案する。
忠実な結果を得るために,新しい三重項コントラストトレーニングオブジェクトを提案する。
論文 参考訳(メタデータ) (2020-09-14T05:29:24Z) - Students Need More Attention: BERT-based AttentionModel for Small Data
with Application to AutomaticPatient Message Triage [65.7062363323781]
BioBERT (Bidirectional Representations from Transformers for Biomedical Text Mining) に基づく新しいフレームワークを提案する。
LESA-BERTと呼ぶBERTの各層にラベル埋め込みを導入し、(ii)LESA-BERTを小さな変種に蒸留することにより、小さなデータセットで作業する際のオーバーフィッティングとモデルサイズを低減することを目指す。
アプリケーションとして,本フレームワークを用いて,患者ポータルメッセージトリアージのモデルを構築し,メッセージの緊急度を非緊急度,中度度,緊急度という3つのカテゴリに分類する。
論文 参考訳(メタデータ) (2020-06-22T03:39:00Z)
関連論文リストは本サイト内にある論文のタイトル・アブストラクトから自動的に作成しています。
指定された論文の情報です。
本サイトの運営者は本サイト(すべての情報・翻訳含む)の品質を保証せず、本サイト(すべての情報・翻訳含む)を使用して発生したあらゆる結果について一切の責任を負いません。