論文の概要: LLMs in Biomedicine: A study on clinical Named Entity Recognition

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2404.07376v2
• Date: Thu, 11 Jul 2024 05:09:30 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2024-07-12 22:48:00.997001
• Title: LLMs in Biomedicine: A study on clinical Named Entity Recognition
• Title（参考訳）: バイオメディシンにおけるLCM : 臨床名称のエンティティ認識に関する研究
• Authors: Masoud Monajatipoor, Jiaxin Yang, Joel Stremmel, Melika Emami, Fazlolah Mohaghegh, Mozhdeh Rouhsedaghat, Kai-Wei Chang,
• Abstract要約: 大規模言語モデル(LLM)は、様々なNLPタスクにおいて顕著な汎用性を示す。 本稿では,NERタスクの性能向上戦略について検討する。 提案手法であるDiRAGは,バイオメディカルNERにおけるLDMのゼロショットF1スコアを高めることができる。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 42.71263594812782
• License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
• Abstract: Large Language Models (LLMs) demonstrate remarkable versatility in various NLP tasks but encounter distinct challenges in biomedical due to the complexities of language and data scarcity. This paper investigates LLMs application in the biomedical domain by exploring strategies to enhance their performance for the NER task. Our study reveals the importance of meticulously designed prompts in the biomedical. Strategic selection of in-context examples yields a marked improvement, offering ~15-20\% increase in F1 score across all benchmark datasets for biomedical few-shot NER. Additionally, our results indicate that integrating external biomedical knowledge via prompting strategies can enhance the proficiency of general-purpose LLMs to meet the specialized needs of biomedical NER. Leveraging a medical knowledge base, our proposed method, DiRAG, inspired by Retrieval-Augmented Generation (RAG), can boost the zero-shot F1 score of LLMs for biomedical NER. Code is released at \url{https://github.com/masoud-monajati/LLM_Bio_NER}
• Abstract（参考訳）: 大規模言語モデル(LLM)は、様々なNLPタスクにおいて顕著な汎用性を示すが、言語とデータ不足の複雑さのため、バイオメディカルにおいて異なる課題に直面する。 本稿では,NER タスクの性能向上戦略を探求し,生物医学領域における LLM の応用について検討する。 本研究は, バイオメディカルにおける精密に設計されたプロンプトの重要性を明らかにするものである。 コンテキスト内サンプルの戦略的選択は顕著な改善をもたらし、バイオメディカルな数ショットNERのためのすべてのベンチマークデータセットでF1スコアが15～20パーセント向上した。 さらに,本研究は,バイオメディカルNERの専門的ニーズを満たすための汎用LSMの習熟度を高めるために,プロンプト戦略による外部バイオメディカル知識の統合が可能であることを示唆した。 バイオメディカルNERのゼロショットF1スコアを向上するために, 医療知識ベースを活用して, RAG(Retrieval-Augmented Generation)にインスパイアされたDiraGを提案する。 コードは \url{https://github.com/masoud-monajati/LLM_Bio_NER} でリリースされる。

関連論文リスト

• BioMNER: A Dataset for Biomedical Method Entity Recognition [25.403593761614424]
  本稿では,生物医学的手法による実体認識のための新しいデータセットを提案する。 我々は、人間のアノテーションを支援するために、自動的なBioMethodエンティティ認識と情報検索システムを採用している。 実験の結果,言語モデルのパラメータ数が大きくなると,実体抽出パターンの有効同化が著しく阻害されることが判明した。
  論文  参考訳（メタデータ） (2024-06-28T16:34:24Z)
• Enhancing Biomedical Knowledge Retrieval-Augmented Generation with Self-Rewarding Tree Search and Proximal Policy Optimization [50.26966969163348]
  大規模言語モデル(LLM)は,検索増強世代(RAG)の進展に伴い,生物医学領域において大きな可能性を示した。 既存の検索強化アプローチは、様々なクエリやドキュメント、特に医療知識クエリに対処する上で、課題に直面している。 モンテカルロ木探索(MCTS)と自己回帰パラダイムに基づく自己回帰木探索(SeRTS)を提案する。
  論文  参考訳（メタデータ） (2024-06-17T06:48:31Z)
• BiomedRAG: A Retrieval Augmented Large Language Model for Biomedicine [19.861178160437827]
  大規模言語モデル(LLM)は、バイオメディカルおよび医療分野における様々な応用のための重要なリソースとして急速に現れてきた。 textscBiomedRAGは5つのバイオメディカルNLPタスクで優れたパフォーマンスを実現している。 textscBiomedRAG は、GIT と ChemProt コーパスにおいて、マイクロF1スコアが 81.42 と 88.83 の他のトリプル抽出システムより優れている。
  論文  参考訳（メタデータ） (2024-05-01T12:01:39Z)
• Intent Detection and Entity Extraction from BioMedical Literature [14.52164637112797]
  言語モデル(LLM)は、汎用知性を達成するための努力によって動機付けられ、タスクやドメイン固有の自然言語理解アプローチを置き換える効果は疑問視されている。 スーパーバイザード・ファイン・チューン(Supervised Fine Tuned)アプローチは, 汎用LLMよりも有用であり, 有効であることを示す。
  論文  参考訳（メタデータ） (2024-04-04T17:09:52Z)
• An Evaluation of Large Language Models in Bioinformatics Research [52.100233156012756]
  本研究では,大規模言語モデル(LLM)の性能について,バイオインフォマティクスの幅広い課題について検討する。 これらのタスクには、潜在的なコーディング領域の同定、遺伝子とタンパク質の命名されたエンティティの抽出、抗微生物および抗がんペプチドの検出、分子最適化、教育生物情報学問題の解決が含まれる。 以上の結果から, GPT 変種のような LLM がこれらのタスクの多くをうまく処理できることが示唆された。
  論文  参考訳（メタデータ） (2024-02-21T11:27:31Z)
• Multi-level biomedical NER through multi-granularity embeddings and enhanced labeling [3.8599767910528917]
  本稿では,複数のモデルの強みを統合するハイブリッドアプローチを提案する。 BERTは、文脈化された単語の埋め込み、文字レベルの情報キャプチャのための事前訓練されたマルチチャネルCNN、およびテキスト内の単語間の依存関係のシーケンスラベリングとモデル化のためのBiLSTM + CRFを提供する。 我々は、ベンチマークi2b2/2010データセットを用いて、F1スコア90.11を達成する。
  論文  参考訳（メタデータ） (2023-12-24T21:45:36Z)
• Diversifying Knowledge Enhancement of Biomedical Language Models using Adapter Modules and Knowledge Graphs [54.223394825528665]
  我々は、軽量なアダプターモジュールを用いて、構造化された生体医学的知識を事前訓練された言語モデルに注入するアプローチを開発した。 バイオメディカル知識システムUMLSと新しいバイオケミカルOntoChemの2つの大きなKGと、PubMedBERTとBioLinkBERTの2つの著名なバイオメディカルPLMを使用している。 計算能力の要件を低く保ちながら,本手法がいくつかの事例において性能改善につながることを示す。
  論文  参考訳（メタデータ） (2023-12-21T14:26:57Z)
• ProBio: A Protocol-guided Multimodal Dataset for Molecular Biology Lab [67.24684071577211]
  研究結果を複製するという課題は、分子生物学の分野に重大な障害をもたらしている。 まず、この目的に向けた最初のステップとして、ProBioという名前の包括的なマルチモーダルデータセットをキュレートする。 次に、透明なソリューショントラッキングとマルチモーダルなアクション認識という2つの挑戦的なベンチマークを考案し、BioLab設定におけるアクティビティ理解に関連する特徴と難しさを強調した。
  論文  参考訳（メタデータ） (2023-11-01T14:44:01Z)
• BiomedGPT: A Unified and Generalist Biomedical Generative Pre-trained Transformer for Vision, Language, and Multimodal Tasks [68.39821375903591]
  汎用AIは、さまざまなデータ型を解釈する汎用性のために、制限に対処する可能性を秘めている。 本稿では,最初のオープンソースかつ軽量な視覚言語基盤モデルであるBiomedGPTを提案する。
  論文  参考訳（メタデータ） (2023-05-26T17:14:43Z)
• BioADAPT-MRC: Adversarial Learning-based Domain Adaptation Improves Biomedical Machine Reading Comprehension Task [4.837365865245979]
  本稿では,生物医学機械読解作業のための逆学習に基づくドメイン適応フレームワークを提案する。 BioADAPT-MRCは、一般的なドメインデータセットとバイオメディカルドメインデータセットの間の限界分布の相違に対処するニューラルネットワークベースの手法である。
  論文  参考訳（メタデータ） (2022-02-26T16:14:27Z)

関連論文リストは本サイト内にある論文のタイトル・アブストラクトから自動的に作成しています。

指定された論文の情報です。
本サイトの運営者は本サイト（すべての情報・翻訳含む）の品質を保証せず、本サイト（すべての情報・翻訳含む）を使用して発生したあらゆる結果について一切の責任を負いません。