論文の概要: STimage-1K4M: A histopathology image-gene expression dataset for spatial transcriptomics

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2406.06393v2
• Date: Thu, 20 Jun 2024 17:38:55 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2024-06-22 01:26:51.692869
• Title: STimage-1K4M: A histopathology image-gene expression dataset for spatial transcriptomics
• Title（参考訳）: STimage-1K4M:空間転写学のための病理組織像-遺伝子発現データセット
• Authors: Jiawen Chen, Muqing Zhou, Wenrong Wu, Jinwei Zhang, Yun Li, Didong Li,
• Abstract要約: STimage-1K4Mは、サブタイル画像にゲノム機能を提供することでギャップを埋めるように設計された新しいデータセットである。 4,293,195対のサブタイル画像と遺伝子発現を持ち、STimage-1K4Mは前例のない粒度を持つ。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 8.881820519705592
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: Recent advances in multi-modal algorithms have driven and been driven by the increasing availability of large image-text datasets, leading to significant strides in various fields, including computational pathology. However, in most existing medical image-text datasets, the text typically provides high-level summaries that may not sufficiently describe sub-tile regions within a large pathology image. For example, an image might cover an extensive tissue area containing cancerous and healthy regions, but the accompanying text might only specify that this image is a cancer slide, lacking the nuanced details needed for in-depth analysis. In this study, we introduce STimage-1K4M, a novel dataset designed to bridge this gap by providing genomic features for sub-tile images. STimage-1K4M contains 1,149 images derived from spatial transcriptomics data, which captures gene expression information at the level of individual spatial spots within a pathology image. Specifically, each image in the dataset is broken down into smaller sub-image tiles, with each tile paired with 15,000-30,000 dimensional gene expressions. With 4,293,195 pairs of sub-tile images and gene expressions, STimage-1K4M offers unprecedented granularity, paving the way for a wide range of advanced research in multi-modal data analysis an innovative applications in computational pathology, and beyond.
• Abstract（参考訳）: マルチモーダルアルゴリズムの最近の進歩は、大規模な画像テキストデータセットの利用可能化によって推進され、推進され、計算病理学を含む様々な分野において大きな進歩をもたらした。 しかし、既存の多くの医用画像テキストデータセットでは、このテキストは典型的には、大きな病理画像内のサブタイル領域を十分に記述していないハイレベルな要約を提供する。 例えば、画像は、がん領域と健康領域を含む広範囲の組織領域をカバーするかもしれないが、付随するテキストは、この画像ががんスライドであることのみを指定し、詳細な分析に必要な詳細を欠いている。 本研究では,サブタイル画像にゲノム機能を提供することで,このギャップを埋める新しいデータセットであるSTimage-1K4Mを紹介する。 STimage-1K4Mは、病的画像内の個々の空間スポットのレベルで遺伝子発現情報をキャプチャする空間転写データから導出された1,149個の画像を含む。 具体的には、データセットの各画像は小さなサブイメージタイルに分解され、各タイルは15,000-30,000次元の遺伝子発現とペアリングされる。 4,293,195対のサブタイル画像と遺伝子発現により、STimage-1K4Mは前例のない粒度を提供し、マルチモーダルデータ解析における幅広い先進的な研究の道を開いた。

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