論文の概要: Improving Ab-Initio Cryo-EM Reconstruction with Semi-Amortized Pose Inference

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2406.10455v1
• Date: Sat, 15 Jun 2024 00:44:32 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2024-06-19 00:22:43.658606
• Title: Improving Ab-Initio Cryo-EM Reconstruction with Semi-Amortized Pose Inference
• Title（参考訳）: 半補正ポス推論によるAb-initio Cryo-EM再構成の改善
• Authors: Shayan Shekarforoush, David B. Lindell, Marcus A. Brubaker, David J. Fleet,
• Abstract要約: 2D画像からの非初期3D再構成では、構造に加えてポーズを推定する必要がある。 まずマルチヘッドアーキテクチャをポーズエンコーダとして採用し、画像ごとの複数の可視的なポーズを償却的に推測する。 我々のアプローチは最先端のCryoAIよりも高速で、高解像度の再構築を実現している。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 30.195615398809043
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: Cryo-Electron Microscopy (cryo-EM) is an increasingly popular experimental technique for estimating the 3D structure of macromolecular complexes such as proteins based on 2D images. These images are notoriously noisy, and the pose of the structure in each image is unknown \textit{a priori}. Ab-initio 3D reconstruction from 2D images entails estimating the pose in addition to the structure. In this work, we propose a new approach to this problem. We first adopt a multi-head architecture as a pose encoder to infer multiple plausible poses per-image in an amortized fashion. This approach mitigates the high uncertainty in pose estimation by encouraging exploration of pose space early in reconstruction. Once uncertainty is reduced, we refine poses in an auto-decoding fashion. In particular, we initialize with the most likely pose and iteratively update it for individual images using stochastic gradient descent (SGD). Through evaluation on synthetic datasets, we demonstrate that our method is able to handle multi-modal pose distributions during the amortized inference stage, while the later, more flexible stage of direct pose optimization yields faster and more accurate convergence of poses compared to baselines. Finally, on experimental data, we show that our approach is faster than state-of-the-art cryoAI and achieves higher-resolution reconstruction.
• Abstract（参考訳）: クライオ・エレクトロン顕微鏡(Cryo-Electron Microscopy, Cryo-EM)は、タンパク質などの高分子複合体の3次元構造を2次元画像に基づいて推定する実験手法として人気が高まっている。 これらの画像は騒々しいことで知られており、各画像の構造のポーズは未知の \textit{a priori} である。 2D画像からの非初期3D再構成では、構造に加えてポーズを推定する必要がある。 本研究では,この問題に対する新しいアプローチを提案する。 まずマルチヘッドアーキテクチャをポーズエンコーダとして採用し、画像ごとの複数の可視的なポーズを償却的に推測する。 提案手法は, 復元初期におけるポーズ空間の探索を奨励することにより, ポーズ推定における高い不確実性を緩和する。 不確実性が減ると、自動デコード方式でポーズを洗練します。 特に、最も可能性の高いポーズを初期化し、確率勾配降下(SGD)を用いて個々の画像に対して反復的に更新する。 提案手法は, 合成データセットの評価により, 償却推論段階において多モードのポーズ分布を処理できることを実証する一方, 後続のより柔軟な直接ポーズ最適化段階は, ベースラインと比較してより高速で正確なポーズ収束を得られることを示した。 最後に,本手法が最先端のCryoAIよりも高速であり,高分解能の再構築を実現することを示す。

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