論文の概要: Fast and robust single particle reconstruction in 3D fluorescence microscopy

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2301.09452v1
• Date: Mon, 23 Jan 2023 14:20:01 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2023-01-24 13:25:15.786896
• Title: Fast and robust single particle reconstruction in 3D fluorescence microscopy
• Title（参考訳）: 3次元蛍光顕微鏡による高速かつロバストな単一粒子再構成
• Authors: Thibaut Eloy, Etienne Baudrier, Marine Laporte, Virginie Hamel, Paul Guichard, Denis Fortun
• Abstract要約: 単一粒子再構成は、軸方向分解能と蛍光標識の度合いを改善するための強力な技術である。 3次元蛍光顕微鏡における畳み込みモデル専用の単一粒子再構成法を提案する。 計算コストを低く抑えつつ,分解能および再構成誤差の観点から合成手法を実証する。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 1.0625549557437526
• License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
• Abstract: Single particle reconstruction has recently emerged in 3D fluorescence microscopy as a powerful technique to improve the axial resolution and the degree of fluorescent labeling. It is based on the reconstruction of an average volume of a biological particle from the acquisition multiple views with unknown poses. Current methods are limited either by template bias, restriction to 2D data, high computational cost or a lack of robustness to low fluorescent labeling. In this work, we propose a single particle reconstruction method dedicated to convolutional models in 3D fluorescence microscopy that overcome these issues. We address the joint reconstruction and estimation of the poses of the particles, which translates into a challenging non-convex optimization problem. Our approach is based on a multilevel reformulation of this problem, and the development of efficient optimization techniques at each level. We demonstrate on synthetic data that our method outperforms the standard approaches in terms of resolution and reconstruction error, while achieving a low computational cost. We also perform successful reconstruction on real datasets of centrioles to show the potential of our method in concrete applications.
• Abstract（参考訳）: 単一粒子の再構成は3次元蛍光顕微鏡において軸分解能と蛍光標識の程度を改善する強力な技術として最近登場している。 これは、未知のポーズによる複数の視点の獲得から生物粒子の平均体積を再構成することに基づいている。 現在の手法は、テンプレートバイアス、2次元データに対する制限、高い計算コスト、低蛍光ラベリングに対する堅牢性の欠如によって制限されている。 本研究では,これらの問題を克服する3次元蛍光顕微鏡における畳み込みモデル専用の単一粒子再構成法を提案する。 本稿では,粒子のポーズの同時再構成と推定について検討し,非凸最適化問題へと変換する。 提案手法は,この問題の多段階的修正と,各レベルにおける効率的な最適化手法の開発に基づいている。 提案手法は, 計算コストを低く抑えながら, 分解能および再構成誤差の点で, 標準的な手法よりも優れた合成データを示す。 また,本手法の具体的応用の可能性を示すために,実際のセントリルデータセットの再構築に成功した。

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