論文の概要: HGTDP-DTA: Hybrid Graph-Transformer with Dynamic Prompt for Drug-Target Binding Affinity Prediction
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2406.17697v1
- Date: Tue, 25 Jun 2024 16:33:33 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2024-06-26 13:41:09.715254
- Title: HGTDP-DTA: Hybrid Graph-Transformer with Dynamic Prompt for Drug-Target Binding Affinity Prediction
- Title（参考訳）: HGTDP-DTA:ドラッグターゲット結合親和性予測のための動的プロンプト付きハイブリッドグラフ変換器
- Authors: Xi Xiao, Wentao Wang, Jiacheng Xie, Lijing Zhu, Gaofei Chen, Zhengji Li, Tianyang Wang, Min Xu,
- Abstract要約: 薬物標的結合親和性(DTA)は薬物スクリーニングの重要な基準である。
本研究では,HGTDP-DTAと呼ばれる新しいDTA予測手法を提案する。
本手法は,各薬物・標的ペアに対してコンテキスト特異的なプロンプトを生成し,ユニークな相互作用を捕捉するモデルの能力を高める。
Davis と KIBA の2つの広く使われている公開データセットの実験により、HGTDP-DTA は予測性能と一般化能力の両方において最先端のDTA予測手法より優れていることが示された。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 14.866669337498257
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: Drug target binding affinity (DTA) is a key criterion for drug screening. Existing experimental methods are time-consuming and rely on limited structural and domain information. While learning-based methods can model sequence and structural information, they struggle to integrate contextual data and often lack comprehensive modeling of drug-target interactions. In this study, we propose a novel DTA prediction method, termed HGTDP-DTA, which utilizes dynamic prompts within a hybrid Graph-Transformer framework. Our method generates context-specific prompts for each drug-target pair, enhancing the model's ability to capture unique interactions. The introduction of prompt tuning further optimizes the prediction process by filtering out irrelevant noise and emphasizing task-relevant information, dynamically adjusting the input features of the molecular graph. The proposed hybrid Graph-Transformer architecture combines structural information from Graph Convolutional Networks (GCNs) with sequence information captured by Transformers, facilitating the interaction between global and local information. Additionally, we adopted the multi-view feature fusion method to project molecular graph views and affinity subgraph views into a common feature space, effectively combining structural and contextual information. Experiments on two widely used public datasets, Davis and KIBA, show that HGTDP-DTA outperforms state-of-the-art DTA prediction methods in both prediction performance and generalization ability.
- Abstract（参考訳）: 薬物標的結合親和性(DTA)は薬物スクリーニングの重要な基準である。
既存の実験手法は時間がかかり、限られた構造情報やドメイン情報に依存している。
学習に基づく手法は、シーケンスと構造情報をモデル化できるが、コンテキストデータの統合に苦慮し、しばしば薬物と標的の相互作用の包括的なモデリングを欠いている。
本研究では,HGTDP-DTAと呼ばれるハイブリッドグラフトランスフォーマフレームワーク内で動的プロンプトを利用する新しいDTA予測手法を提案する。
本手法は,各薬物・標的ペアに対してコンテキスト特異的なプロンプトを生成し,ユニークな相互作用を捕捉するモデルの能力を高める。
プロンプトチューニングの導入により、無関係なノイズを除去し、タスク関連情報を強調することにより予測プロセスを最適化し、分子グラフの入力特性を動的に調整する。
提案したハイブリッドなGraph-Transformerアーキテクチャは,Graph Convolutional Networks(GCNs)の構造情報とTransformerが取得したシーケンス情報を組み合わせることで,グローバル情報とローカル情報とのインタラクションを容易にする。
さらに、分子グラフビューと親和性サブグラフビューを共通特徴空間に投影する多視点特徴融合法を採用し、構造情報と文脈情報を効果的に組み合わせた。
Davis と KIBA の2つの広く使われている公開データセットの実験により、HGTDP-DTA は予測性能と一般化能力の両方において最先端のDTA予測手法より優れていることが示された。
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