論文の概要: Transformer-based Single-Cell Language Model: A Survey
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2407.13205v1
- Date: Thu, 18 Jul 2024 06:43:12 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2024-07-19 16:42:04.711714
- Title: Transformer-based Single-Cell Language Model: A Survey
- Title（参考訳）: 変圧器を用いたシングルセル言語モデル:調査
- Authors: Wei Lan, Guohang He, Mingyang Liu, Qingfeng Chen, Junyue Cao, Wei Peng,
- Abstract要約: 変換器の構造と原理について詳述する。
本稿では,単一セルデータ解析のための単一セル言語モデルと大規模言語モデルについて概説する。
単一セル言語モデルの課題を論じ,将来性のある研究方向性を提供する。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 5.228439173541588
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: The transformers have achieved significant accomplishments in the natural language processing as its outstanding parallel processing capabilities and highly flexible attention mechanism. In addition, increasing studies based on transformers have been proposed to model single-cell data. In this review, we attempt to systematically summarize the single-cell language models and applications based on transformers. First, we provide a detailed introduction about the structure and principles of transformers. Then, we review the single-cell language models and large language models for single-cell data analysis. Moreover, we explore the datasets and applications of single-cell language models in downstream tasks such as batch correction, cell clustering, cell type annotation, gene regulatory network inference and perturbation response. Further, we discuss the challenges of single-cell language models and provide promising research directions. We hope this review will serve as an up-to-date reference for researchers interested in the direction of single-cell language models.
- Abstract（参考訳）: 変換器は、並列処理能力と高度に柔軟な注意機構として、自然言語処理において大きな成果を上げている。
さらに、単一セルデータをモデル化するために、トランスフォーマーに基づく研究の増加が提案されている。
本稿では,トランスフォーマに基づく単一セル言語モデルとアプリケーションを体系的に要約する。
まず,変圧器の構造と原理について概説する。
そこで本研究では,単一セルデータ解析のための単一セル言語モデルと大規模言語モデルについて概説する。
さらに、バッチ修正、セルクラスタリング、細胞型アノテーション、遺伝子制御ネットワーク推論、摂動応答などの下流タスクにおける単一セル言語モデルのデータセットと応用について検討する。
さらに,単一セル言語モデルの課題について論じ,将来性のある研究方向性を提供する。
このレビューが、シングルセル言語モデルの方向性に関心を持つ研究者の最新の参考になることを期待している。
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