論文の概要: RNACG: A Universal RNA Sequence Conditional Generation model based on Flow-Matching

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2407.19838v2
• Date: Sat, 08 Mar 2025 10:22:21 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2025-03-11 22:19:49.542783
• Title: RNACG: A Universal RNA Sequence Conditional Generation model based on Flow-Matching
• Title（参考訳）: RNACG:フローマッチングに基づくユニバーサルRNA配列条件生成モデル
• Authors: Letian Gao, Zhi John Lu,
• Abstract要約: 本稿では,フローマッチングに基づくRNA配列設計のための汎用フレームワークであるRNACG(RNA Generator)を提案する。 1つのフレームワークでシーケンス生成を統一することにより、RNACGは複数のRNA設計パラダイムの統合を可能にする。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.0
• License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
• Abstract: RNA plays a pivotal role in diverse biological processes, ranging from gene regulation to catalysis. Recent advances in RNA design, such as RfamGen, Ribodiffusion and RDesign, have demonstrated promising results, with successful designs of functional sequences. However, RNA design remains challenging due to the inherent flexibility of RNA molecules and the scarcity of experimental data on tertiary and secondary structures compared to proteins. These limitations highlight the need for a more universal and comprehensive approach to RNA design that integrates diverse annotation information at the sequence level. To address these challenges, we propose RNACG (RNA Conditional Generator), a universal framework for RNA sequence design based on flow matching. RNACG supports diverse conditional inputs, including structural, functional, and family-specific annotations, and offers a modular design that allows users to customize the encoding network for specific tasks. By unifying sequence generation under a single framework, RNACG enables the integration of multiple RNA design paradigms, from family-specific generation to tertiary structure inverse folding.
• Abstract（参考訳）: RNAは、遺伝子の調節から触媒作用まで、様々な生物学的過程において重要な役割を担っている。 RfamGen、Ribodiffusion、RDesignといったRNA設計の最近の進歩は、機能配列の設計を成功させ、有望な結果を示している。 しかし、RNA分子の固有の柔軟性と第3次および第2次構造に関する実験データの不足により、RNA設計は依然として困難である。 これらの制限は、配列レベルで様々なアノテーション情報を統合するRNA設計に対するより普遍的で包括的なアプローチの必要性を強調している。 これらの課題に対処するために,フローマッチングに基づくRNA配列設計のための汎用フレームワークであるRNACG(RNA Conditional Generator)を提案する。 RNACGは、構造的、機能的、家族固有のアノテーションを含む多様な条件入力をサポートし、ユーザが特定のタスクのためにエンコードネットワークをカスタマイズできるモジュールデザインを提供する。 RNACGは、単一のフレームワークの下でシーケンス生成を統一することにより、ファミリー固有の生成から第三次構造の逆フォールディングまで、複数のRNA設計パラダイムの統合を可能にする。

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