論文の概要: Bioinformatics Retrieval Augmentation Data (BRAD) Digital Assistant

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2409.02864v1
• Date: Wed, 4 Sep 2024 16:43:14 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2024-09-05 16:52:09.852250
• Title: Bioinformatics Retrieval Augmentation Data (BRAD) Digital Assistant
• Title（参考訳）: Bioinformatics Retrieval Augmentation Data (BRAD) Digital Assistant
• Authors: Joshua Pickard, Marc Andrew Choi, Natalie Oliven, Cooper Stansbury, Jillian Cwycyshyn, Nicholas Galioto, Alex Gorodetsky, Alvaro Velasquez, Indika Rajapakse,
• Abstract要約: 本稿では,バイオインフォマティクス検索データ(BRAD)デジタルアシスタントのプロトタイプについて述べる。 BRADは、コード実行からオンライン検索まで、幅広いバイオインフォマティクスタスクを扱うための一連のツールを統合する。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 5.309032614374711
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: We present a prototype for a Bioinformatics Retrieval Augmentation Data (BRAD) digital assistant. BRAD integrates a suite of tools to handle a wide range of bioinformatics tasks, from code execution to online search. We demonstrate BRAD's capabilities through (1) improved question-and-answering with retrieval augmented generation (RAG), (2) BRAD's ability to run and write complex software pipelines, and (3) BRAD's ability to organize and distribute tasks across individual and teams of agents. We use BRAD for automation of bioinformatics workflows, performing tasks ranging from gene enrichment and searching the archive to automatic code generation and running biomarker identification pipelines. BRAD is a step toward the ultimate goal to develop a digital twin of laboratories driven by self-contained loops for hypothesis generation and testing of digital biology experiments.
• Abstract（参考訳）: 本稿では,バイオインフォマティクス検索データ(BRAD)デジタルアシスタントのプロトタイプについて述べる。 BRADは、コード実行からオンライン検索まで、幅広いバイオインフォマティクスタスクを扱うための一連のツールを統合する。 我々は,(1)検索拡張生成(RAG)による質問・回答の改善,(2)複雑なソフトウェアパイプラインを運用・作成するBRADの能力,(3)個々のエージェントやチーム間でタスクを整理・配布するBRADの能力を示す。 バイオインフォマティクスワークフローの自動化、遺伝子富化、アーカイブ検索、自動コード生成、バイオマーカー識別パイプラインの実行といったタスクにBRADを使用します。 BRADは、デジタル生物学実験の仮説生成とテストのための自己完結ループによって駆動される実験室のデジタルツインを開発するという究極の目標に向かっている。

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