論文の概要: BioAgents: Democratizing Bioinformatics Analysis with Multi-Agent Systems
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2501.06314v1
- Date: Fri, 10 Jan 2025 19:30:59 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2025-01-14 14:22:53.513253
- Title: BioAgents: Democratizing Bioinformatics Analysis with Multi-Agent Systems
- Title（参考訳）: バイオエージェント:マルチエージェントシステムによるバイオインフォマティクス分析の民主化
- Authors: Nikita Mehandru, Amanda K. Hall, Olesya Melnichenko, Yulia Dubinina, Daniel Tsirulnikov, David Bamman, Ahmed Alaa, Scott Saponas, Venkat S. Malladi,
- Abstract要約: 我々は,小言語モデルに基づくマルチエージェントシステムを提案し,バイオインフォマティクスデータに基づいて微調整し,検索拡張生成(RAG)により拡張した。
当社のシステムであるBioAgentsは,プロプライエタリなデータを用いたローカル操作とパーソナライズを可能にする。
我々は、概念ゲノミクスのタスクにおいて、人間の専門家に匹敵するパフォーマンスを観察し、コード生成能力を高めるための次のステップを提案する。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 6.668992155393883
- License:
- Abstract: Creating end-to-end bioinformatics workflows requires diverse domain expertise, which poses challenges for both junior and senior researchers as it demands a deep understanding of both genomics concepts and computational techniques. While large language models (LLMs) provide some assistance, they often fall short in providing the nuanced guidance needed to execute complex bioinformatics tasks, and require expensive computing resources to achieve high performance. We thus propose a multi-agent system built on small language models, fine-tuned on bioinformatics data, and enhanced with retrieval augmented generation (RAG). Our system, BioAgents, enables local operation and personalization using proprietary data. We observe performance comparable to human experts on conceptual genomics tasks, and suggest next steps to enhance code generation capabilities.
- Abstract（参考訳）: エンド・ツー・エンドのバイオインフォマティクスワークフローを作成するには、さまざまな分野の専門知識が必要である。
大規模言語モデル(LLM)はいくつかの補助を提供するが、複雑なバイオインフォマティクスタスクの実行に必要な微妙なガイダンスを提供し、高いパフォーマンスを達成するために高価な計算資源を必要とする場合が多い。
そこで本研究では,小言語モデルに基づくマルチエージェントシステムを提案し,バイオインフォマティクスデータに基づいて微調整し,検索拡張生成(RAG)により拡張する。
当社のシステムであるBioAgentsは,プロプライエタリなデータを用いたローカル操作とパーソナライズを可能にする。
我々は、概念ゲノミクスのタスクにおいて、人間の専門家に匹敵するパフォーマンスを観察し、コード生成能力を高めるための次のステップを提案する。
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