論文の概要: Language Model Powered Digital Biology
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2409.02864v2
- Date: Mon, 14 Oct 2024 01:07:54 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2024-11-07 23:34:03.710123
- Title: Language Model Powered Digital Biology
- Title（参考訳）: 言語モデルを用いたディジタル生物学
- Authors: Joshua Pickard, Marc Andrew Choi, Natalie Oliven, Cooper Stansbury, Jillian Cwycyshyn, Nicholas Galioto, Alex Gorodetsky, Alvaro Velasquez, Indika Rajapakse,
- Abstract要約: 本稿では,バイオインフォマティクス検索データ(BRAD)デジタルアシスタントのプロトタイプについて述べる。
BRADは、コード実行からオンライン検索まで、バイオインフォマティクスタスクを処理する一連のツールを統合するロボットとエージェントシステムである。
我々は,(1)検索拡張生成(RAG)による質問・回答の改善,(2)複雑なソフトウェアパイプラインの実行能力,(3)エージェントパイプラインにおけるタスクの整理・配布能力を通じて,その能力を実証する。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 5.309032614374711
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: Recent advancements in Large Language Models (LLMs) are transforming biology, computer science, and many other research fields, as well as impacting everyday life. While transformer-based technologies are currently being deployed in biology, no available agentic system has been developed to tackle bioinformatics workflows. We present a prototype Bioinformatics Retrieval Augmented Data (BRAD) digital assistant. BRAD is a chatbot and agentic system that integrates a suite of tools to handle bioinformatics tasks, from code execution to online search. We demonstrate its capabilities through (1) improved question-and-answering with retrieval augmented generation (RAG), (2) the ability to run complex software pipelines, and (3) the ability to organize and distribute tasks in agentic workflows. We use BRAD for automation, performing tasks ranging from gene enrichment and searching the archive to automatic code generation for running biomarker identification pipelines. BRAD is a step toward autonomous, self-driving labs for digital biology.
- Abstract（参考訳）: 大規模言語モデル(LLM)の最近の進歩は、生物学、コンピュータ科学、その他多くの研究分野を変革し、日常生活に影響を与えている。
トランスフォーマーベースの技術は現在生物学で展開されているが、バイオインフォマティクスのワークフローに取り組むためのエージェントシステムは開発されていない。
本稿では,バイオインフォマティクス検索データ(BRAD)デジタルアシスタントのプロトタイプについて述べる。
BRADは、コード実行からオンライン検索まで、バイオインフォマティクスタスクを処理する一連のツールを統合するチャットボットとエージェントシステムである。
我々は,(1)検索拡張生成(RAG)による質問・回答の改善,(2)複雑なソフトウェアパイプラインの実行能力,(3)エージェントワークフローにおけるタスクの整理・配布能力を通じて,その能力を実証する。
我々は、BRADを使って、遺伝子富化やアーカイブ検索から、バイオマーカー識別パイプラインを実行するための自動コード生成まで、タスクを自動化します。
BRADは、デジタル生物学のための自動運転ラボへの一歩だ。
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