論文の概要: Language Model Powered Digital Biology with BRAD
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2409.02864v3
- Date: Sun, 08 Dec 2024 15:45:30 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2024-12-10 14:51:58.823994
- Title: Language Model Powered Digital Biology with BRAD
- Title（参考訳）: BRADを用いた言語モデル駆動デジタル生物学
- Authors: Joshua Pickard, Ram Prakash, Marc Andrew Choi, Natalie Oliven, Cooper Stansbury, Jillian Cwycyshyn, Alex Gorodetsky, Alvaro Velasquez, Indika Rajapakse,
- Abstract要約: 大規模言語モデル(LLM)は構造化されていない統合に適しています。
バイオインフォマティクス検索デジタルアシスタント(BRAD)の試作について紹介する。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 5.309032614374711
- License:
- Abstract: Recent advancements in Large Language Models (LLMs) are transforming biology, computer science, engineering, and every day life. However, integrating the wide array of computational tools, databases, and scientific literature continues to pose a challenge to biological research. LLMs are well-suited for unstructured integration, efficient information retrieval, and automating standard workflows and actions from these diverse resources. To harness these capabilities in bioinformatics, we present a prototype Bioinformatics Retrieval Augmented Digital assistant (BRAD). BRAD is a chatbot and agentic system that integrates a variety of bioinformatics tools. The Python package implements an AI \texttt{Agent} that is powered by LLMs and connects to a local file system, online databases, and a user's software. The \texttt{Agent} is highly configurable, enabling tasks such as Retrieval-Augmented Generation, searches across bioinformatics databases, and the execution of software pipelines. BRAD's coordinated integration of bioinformatics tools delivers a context-aware and semi-autonomous system that extends beyond the capabilities of conventional LLM-based chatbots. A graphical user interface (GUI) provides an intuitive interface to the system.
- Abstract（参考訳）: 大規模言語モデル(LLM)の最近の進歩は、生物学、コンピュータ科学、工学、そして日々の生活を変えつつある。
しかし、幅広い計算ツール、データベース、科学文献を統合することは、生物学研究に挑戦し続けている。
LLMは、構造化されていない統合、効率的な情報検索、これらの多様なリソースからの標準的なワークフローとアクションの自動化に適しています。
バイオインフォマティクスにおけるこれらの機能を活用するために,バイオインフォマティクス検索デジタルアシスタント(BRAD)のプロトタイプを提案する。
BRADは様々なバイオインフォマティクスツールを統合するチャットボットおよびエージェントシステムである。
Pythonパッケージは、LLMで動くAI \texttt{Agent}を実装し、ローカルファイルシステム、オンラインデータベース、ユーザーのソフトウェアに接続する。
texttt{Agent}は高度に設定可能で、Retrieval-Augmented Generation、バイオインフォマティクスデータベースの検索、ソフトウェアパイプラインの実行といったタスクを可能にする。
BRADのバイオインフォマティクスツールの統合は、従来のLLMベースのチャットボットの能力を超えて、コンテキスト認識と半自律システムを提供する。
グラフィカルユーザインタフェース(GUI)は、システムに直感的なインターフェースを提供する。
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