論文の概要: ProteinBench: A Holistic Evaluation of Protein Foundation Models
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2409.06744v1
- Date: Tue, 10 Sep 2024 06:52:33 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2024-09-12 17:44:43.267585
- Title: ProteinBench: A Holistic Evaluation of Protein Foundation Models
- Title（参考訳）: ProteinBench: タンパク質基盤モデルの全体的評価
- Authors: Fei Ye, Zaixiang Zheng, Dongyu Xue, Yuning Shen, Lihao Wang, Yiming Ma, Yan Wang, Xinyou Wang, Xiangxin Zhou, Quanquan Gu,
- Abstract要約: 本稿では,タンパク質基盤モデルのための総合評価フレームワークであるProteinBenchを紹介する。
本研究のアプローチは, タンパク質ドメインにおける課題を包括的に包括するタスクの分類学的分類, (ii) 品質, 新規性, 多様性, 堅牢性, および (iii) 様々なユーザ目標から詳細な分析を行い, モデルパフォーマンスの全体的視点を提供する,4つの重要な側面にわたるパフォーマンスを評価するマルチメトリック評価アプローチからなる。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 53.59325047872512
- License: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
- Abstract: Recent years have witnessed a surge in the development of protein foundation models, significantly improving performance in protein prediction and generative tasks ranging from 3D structure prediction and protein design to conformational dynamics. However, the capabilities and limitations associated with these models remain poorly understood due to the absence of a unified evaluation framework. To fill this gap, we introduce ProteinBench, a holistic evaluation framework designed to enhance the transparency of protein foundation models. Our approach consists of three key components: (i) A taxonomic classification of tasks that broadly encompass the main challenges in the protein domain, based on the relationships between different protein modalities; (ii) A multi-metric evaluation approach that assesses performance across four key dimensions: quality, novelty, diversity, and robustness; and (iii) In-depth analyses from various user objectives, providing a holistic view of model performance. Our comprehensive evaluation of protein foundation models reveals several key findings that shed light on their current capabilities and limitations. To promote transparency and facilitate further research, we release the evaluation dataset, code, and a public leaderboard publicly for further analysis and a general modular toolkit. We intend for ProteinBench to be a living benchmark for establishing a standardized, in-depth evaluation framework for protein foundation models, driving their development and application while fostering collaboration within the field.
- Abstract（参考訳）: 近年、タンパク質基盤モデルの開発が急増し、タンパク質の予測性能が大幅に向上し、3次元構造予測やタンパク質設計からコンフォメーションダイナミクスまで、生成タスクが大幅に改善されている。
しかしながら、これらのモデルに関連する機能や制限は、統一された評価フレームワークが存在しないため、よく理解されていない。
このギャップを埋めるために,タンパク質基盤モデルの透明性を高めるために設計された総合評価フレームワークであるProteinBenchを紹介する。
私たちのアプローチは3つの重要なコンポーネントで構成されています。
一 異なるタンパク質モダリティ間の関係に基づいて、タンパク質ドメインの主要な課題を幅広く包含するタスクの分類分類
(二)品質、ノベルティ、多様性、堅牢性の四つの重要な側面におけるパフォーマンスを評価する多段階評価アプローチ
三 様々なユーザ目標から詳細な分析を行い、モデル性能の全体像を提供する。
タンパク質基盤モデルの包括的評価は、その機能と限界に光を当てたいくつかの重要な発見を示す。
透明性を促進し,さらなる研究を促進するために,評価データセット,コード,公開リーダボードを公開して,さらなる分析と汎用的なモジュラーツールキットを提案する。
我々は、タンパク質基盤モデルのための標準化された詳細な評価フレームワークを確立し、その開発と応用を推進し、分野内のコラボレーションを育むための生きたベンチマークとして、ProteinBenchを目標としています。
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